Организационные принципы строительства партии Ленин вырабатывал и отстаивал в непримиримой борьбе с национализмом и сепаратизмом бундовцев, которые добивались построения партии по федеративному признаку и способствовали тем самым разобщению сил российского пролетариата. В статьях «По поводу заявления Бунда», «Нужна ли «самостоятельная политическая партия» еврейскому пролетариату», в проектах резолюций II съезда РСДРП о месте Бунда в РСДРП и о выходе Бунда из РСДРП, в речах на съезде, а также в статье «Последнее слово бундовского национализма», написанной после съезда, Ленин разоблачает националистическую позицию Бунда в организационных вопросах, развивает и отстаивает принцип пролетарского интернационализма, на основе которого должна строиться партия. Подвергая резкой критике взгляды Бунда, Ленин писал: «… в вопросах борьбы с самодержавием, борьбы с буржуазией всей России мы должны выступать как единая, централизованная, боевая организация, мы должны опираться на весь пролетариат, без различия языка и национальности, сплоченный совместным постоянным решением теоретических и практических, тактических и организационных вопросов…» (настоящий том, стр. 122).
Наряду с выработкой организационных принципов строительства партии Ленин в 1902–1903 годах продолжает работу по теоретическому обоснованию важнейших положений, сформулированных в искровском проекте программы.
В условиях многонационального государства, каким являлась Россия, огромное значение для завоевания пролетариатом союзников, для победы революции имела национальная программа РСДРП. Включенные в том статьи «О Манифесте «Союза армянских социал-демократов»» и «Национальный вопрос в нашей программе» являются первыми произведениями Ленина о национальной программе большевизма. Ленин указывает, что одним из основных принципов, которым должны руководствоваться все социал-демократы в национальном вопросе, является требование права на самоопределение для каждой нации, входящей в состав государства. Это требование означает, что партия пролетариата должна всегда и безусловно бороться против национального угнетения, «против всякой попытки насилием или несправедливостью влиять извне на народное самоопределение» (стр. 105). Впоследствии Ленин разъяснял, что, выдвигая в программе требование права наций на самоопределение, РСДРП понимала последнее как политическое самоопределение, т. е. как право отделения и образования самостоятельного государства.
Статья «Национальный вопрос в нашей программе» является образцом применения марксистского диалектического метода к разработке положения о праве наций на самоопределение. В этой статье Ленин указывал, что, безусловно признавая за каждой нацией право на национальное самоопределение, революционные марксисты подчиняют поддержку требования национальной независимости интересам классовой борьбы пролетариата. «В этом именно условии, – писал он, – и состоит отличие нашей постановки национального вопроса от буржуазно-демократической постановки его. Буржуазный демократ (а также идущий по его стопам современный социалистический оппортунист) воображает, что демократия устраняет классовую борьбу, и потому ставит все свои политические требования абстрактно, огульно, «безусловно», с точки зрения интересов «всего народа» или даже с точки зрения вечного нравственного принципа-абсолюта. Социал-демократ беспощадно разоблачает эту буржуазную иллюзию везде и всегда, выражается ли она в отвлеченной идеалистической философии или в постановке безусловного требования национальной независимости» (стр. 235).