Шестидневной войне предшествовала серия локальных вооруженных столкновений и серьезной политической полемики, в первую очередь в рамках ООН. Фактически военные акции между сторонами имели нарастающий характер на протяжении нескольких месяцев до июньской войны. Как у Египта, так и у Израиля были поводы для выяснения отношений. Израильское руководство нуждалось в «маленькой победоносной войне», которая бы остудила пыл египетского лидера и его союзников (та же причина, что и в 1956 г.), в свою очередь, арабские армии были готовы поквитаться с Израилем за предыдущие поражения и силой оружия осуществить реализацию резолюций ООН. Важную роль сыграл вопрос распределения водных ресурсов. В 1964–1967 гг. между израильтянами и арабами разгорелся конфликт из-за столь ценного на Ближнем Востоке ресурса – пресной воды.
Вопрос распределения ресурсов реки Иордан поднимался неоднократно в предшествующее десятилетие, но приобрел особую остроту после того, как сентябре 1964 г. заработал всеизраильский водовод и воды реки Иордан начали поступать в пустыню Негев. Попытки отвода воды со стороны Сирии привели к перерастанию сирийско-израильской напряженности в конфликт с применением оружия, что было еще одним шагом к большой войне. Именно сирийско-израильский конфликт побудил Египет принять серьезные меры по отношению к Израилю.
По сути, предпосылки столкновения между Израилем и арабскими странами напоминали предпосылки войны 1956 г., но спустя более десяти лет два главных противника в регионе – Израиль и Египет – чувствовали себя гораздо уверенней. Несмотря на провал плана интеграции Египта и Сирии в Объединенную Арабскую Республику в 1961 г. и некоторые внутриполитические сложности, Египет продолжал удерживать флаг лидера арабского мира, что накладывало на эту страну определенные обязательства – в том числе связанные с позицией по отношению к «сионистскому образованию». Укрепление египетской армии с помощью советского оружия вкупе с заверениями египетского генералитета в мощи и «непобедимости» Египта создали у президента Насера опасную иллюзию превосходства над Израилем. Военная мощь страны по сравнению с 1967 г. возросла, но и Израиль не стоял на месте, превратившись в одну из самых мощных военных сил в регионе.
Египетская армия принимала участие в гражданской войне в Йемене, поддержав антимонархические силы. Монархии арабского мира поддержали йеменских роялистов в борьбе против «насеризма» и «египетского империализма». Йеменскую кампанию египетской армии историки сравнивают с вьетнамской войной США – она стоила Египту больших финансовых затрат и людских потерь. К 1967 г. на йеменском театре войны были задействованы свыше 50 тыс. египетских военнослужащих, представлявших лучшие силы египетской армии – их отсутствие сыграло отрицательную роль в событиях Шестидневной войны. Несмотря на общую антиизраильскую риторику арабских стран, к середине 60-х арабский мир разделился на два противоборствующих лагеря – консервативный, объединивший арабские монархические режимы во главе с Саудовской Аравией, и революционный, куда входили арабские республики во главе с Египтом. Как и в канун предыдущих войн, отсутствие единства серьезно ослабляло всю «антиизраильскую коалицию».