В 1885 году, после возвращения из Индии, где ей пришлось выступать против иезуитского заговора, Елена снова впадает в летаргический сон. На этот раз ее никто не собирается хоронить. Проснувшись, она приступает к работе над «Тайной Доктриной» – одним из своих важнейших итоговых трудов, имеющим подзаголовок: «Синтез науки, религии и философии».
Учение Блаватской отрицает существование антропоморфного бога-творца и утверждает веру в универсальный божественный принцип – Абсолют, веру в то, что Вселенная разворачивается сама, из своей собственной Сущности, не будучи сотворенной. Самым важным для теософии Блаватская считала очищение душ, облегчение страданий, моральные идеалы, соблюдение принципа братства человечества. Блаватская называла себя не творцом системы, а лишь проводником Высших Сил, хранителем сокровенных знаний Учителей, от которых она получила все теософские истины. Существует теория, согласно которой идеи Блаватской о расах легли в основу оккультных учений германских авторов Г. Листа и Й. Либенфельса, идеологов третьего рейха.
В 1889 году один из экземпляров своей книги «Голос Безмолвия. Семь врат. Два пути» Блаватская дарит Льву Толстому. В своих книгах-напутствиях «Мысли мудрых людей» великий классик приводит ее цитату: «Если ты хочешь постигнуть познания всеобъемлющего „Я“, то ты должен, прежде всего, узнать самого себя. Для того чтобы познать самого себя, ты должен пожертвовать своим „я“ всемирному „Я“, и жертвуй своей жизнью, если ты хочешь жить в духе».
Олькотт пишет о Елене Блаватской, представительнице архетипа Царевны: «Именно потому, что я знал ее намного лучше других, она была для меня более загадочной, чем для всех окружающих… Какая часть ее сознательной жизни принадлежала только ей самой, а какая часть исходила от некоей сущности, оставшейся в тени? Я не знаю. Если признать гипотезу, что она была медиумом Великих Учителей и никем более, то загадка решается легко, так как в этом случае можно объяснить изменения ее ума, характера, вкусов, склонностей».
«Елена Петровна Блаватская – истинно наша национальная гордость. Великая Мученица за Свет и Истину», – восхищался ею философ Николай Рерих.
Махатма Ганди в своей книге «Моя жизнь» отмечал, что на его мировоззрение оказало влияние общение с членами Теософического Общества и труды Е. П. Блаватской.
В 1891 году Елена умерла от гриппа, всего три месяца не дожив до своего шестидесятилетия. Прах ее, разделенный на три части, хранится в Нью-Йорке, Мадьяре и Лондоне в собственных комнатах Блаватской. Так русская женщина-философ своей яркой жизнью и своими книгами способствовали распространению восточных учений в России, Америке и в Европе, объединению Востока и Запада.