Впоследствии турки еще более украсили эту великолепнейшую из церквей. Магомет II воздвиг два столба, подпирающие юго-восточную часть храма, обращенную к морю, и один минарет. Султан Селим II выстроил следующий, немного ниже первого. Мурад III соорудил остальные. До ста архитекторов руководили постройкой Ай-Софии, пять тысяч рабочих занимались строительством на правой стороне и столько же на левой. По преданию, план был вручен императору Юстиниану ангелом, явившимся ему во сне. Семь с половиной лет продолжалась само строительство. Когда все было уже кончено, император в сочельник 554 года на квадриге поехал в церковь. Он велел заколоть тысячу быков, тысячу овец, тысячу свиней, десять тысяч кур и шестьсот баранов. В то же время тридцать тысяч мер ржи и триста талантов золота розданы были народу. Впоследствии, когда при завоевании Константинополя турками церковь эта была обращена в мечеть, в ней было сделано очень мало перемен, так что Ай-София служит для нас хорошо сохранившимся памятником давно минувшей эпохи и, вероятно, некогда будет снова возвращена христианству, от которого она столько времени была отчуждена.
В большом куполе бросается в глаза известное изречение из Корана: «Аллах есть светильник неба и земли». Текст этот в ночи Рамазана бывает волшебно залит морем света от тысячи тысяч ламп, которые, помещаясь тройным кругом одна над другой, обрисовывают свод купола. Между ними висят букеты и пучки искусственных цветов и золотые блестки.
Углубление церковной ниши, где помещался престол с дарохранительницей, было центром большого полукруга с семью ступенями, ведущими к местам для священников. Так как место это прямо выходило на восток, то оно не могло быть мирабом, молитвенной нишей с престолом пророка, святилищем исповедников ислама. Магометане должны молиться, обратившись лицом по тому направлению, в котором лежит Кааба в Мекке. Константинопольские мечети должны иметь свой мираб на юго-западе, и потому во всех тех, которые были прежде христианскими церквами, молящиеся никогда не обращались лицом прямо к алтарю, а всегда стояли вполоборота к нему. Против престола, в центре обширной церкви, находилась христианская кафедра. На некотором расстоянии от нее помещается теперь минибар, кафедра мусульман, предназначенная для богослужения каждую пятницу, с нее-то проповедник, называемый хатибом, провозглашает молитву за султана. Настоящие же проповеди, по временам бывающие здесь, произносятся с христианской кафедры, причем хатиб входит на нее с деревянным мечом в руке в знак воспоминания о победе пророка. Два знамени на кафедре, одно справа, другое слева, означают победу ислама над христианством.