Начавшаяся Великая Отечественная война внесла существенные изменения в условия работы как в целом военной разведки, так и специальной в частности.
Так, например, разведывательный отдел Северного флота к 31 августа 1941 года сформировал и вывел в тыл противника 78 разведывательно‑диверсионных формирований общей численностью до 3800 человек. РО Западного фронта с начала войны и до 15 сентября 1941 года вывел в тыл противника 52 нештатных разведывательно‑диверсионных формирования. РО штаба Юго‑Западного фронта в период с 22 июня по 1 августа 1941 года вывел в тыл противника 512 разведывательно‑диверсионных отрядов и групп.
Условия, в которых приходилось действовать разведчикам на начальном периоде войны, были исключительно сложными. Маломощные радиостанции не перекрывали больших расстояний, которые образовывались в результате отхода наших войск. Связь в основном поддерживалась путем посылки связников через линию фронта.
Прообразом и источником спецназа Советской армии в годы Великой Отечественной войны были: диверсионно‑разведывательные формирования советских партизан; оперативные центры разведки, которые действовали, как правило, под видом партизанских формирований (с полным подчинением Главному разведывательному управлению Генерального штаба и разведотделам штабов фронтов); оперативные группы разведки, которые функционировали при некоторых партизанских формированиях и органах руководства партизанским движением и направляли их разведывательно‑диверсионную деятельность в интересах регулярных войск; советнический аппарат от регулярных войск (офицеры разведки Советской армии, назначенные на штабные должности в партизанские формирования или представителями в состав руководящих органов партизанского движения).
В 1942 году руководство нештатными разведывательно‑диверсионными формированиями было централизовано в масштабе страны. Для этой цели постановлением Государственного комитета обороны от 30 мая 1942 года при Ставке Верховного Главнокомандования был образован Центральный штаб партизанского движения (ЦШПД). Необходимо было упорядочить дело организации и ведения оперативной специальной разведки.
В этой связи приказом Народного комиссара обороны от 23 октября 1942 года № 00222 предусматривалось проведение ряда мероприятий по улучшению работы военной разведки.
В ходе войны способы организации и ведения специальной разведки в тылу противника получили дальнейшее развитие и дополнились новыми, вытекающими из реально складывающейся обстановки, роста всенародной борьбы в тылу противника и в соответствии с потребностями разведывательного обеспечения операций действующих фронтов. Уже к началу 1943 года новой формой организации стало разведывательно‑диверсионное соединение, создаваемое непосредственно в тылу противника. При выводе разведывательно‑диверсионных формирований в тыл противника использовались наземный, воздушный и морской пути.