После завершения военной операции в Финляндии во время войны со Швецией Барклай-де-Толли был назначен главнокомандующим Русской армией в Финляндии и генерал-губернатором Финляндии. На этом посту он проявил себя прекрасным организатором, наведя в армии и на присоединённых территориях твёрдый порядок. Опыт административного управления сложным и обширным региона оказался весьма важным для дальнейшей карьеры Барклая. В январе 1810-го года он был назначен военным министром. На этом посту Барклай, ощущавший неотвратимость войны с Наполеоном, занялся преобразованием армии. На западных рубежах срочно строились оборонительные сооружения, передислоцировались войска, проводились дополнительные наборы в армию – её численность увеличилась почти вдвое. Было реорганизовано военное министерство, заслуги Барклая на этом посту были отмечены в сентябре 1811-го года орденом Св. Равноапостольного князя Владимира 1-й степени.
Когда-то Денис Давыдов коротко выразил суть Михаила Богдановича Барклая-де-Толли: «Мужественный и хладнокровный до невероятия».
В качестве главнокомандующего русской армией при вторжении Наполеона, Барклай-де-Толли, понимая невозможность открытого боя с Наполеоном, принял на вооружение тактику отступления внутрь страны, поведя армию на Витебск и Смоленск, приказав и Багратиону отступать и идти на соединение с ним. Многие тогда вспоминали Петра Великого, отступавшего в войне со шведами до Полтавы, и рассчитывали, что, отступая, русская армия может быть усилена рекрутами и снабжена всем необходимым, в то время, как армия Наполеона тем больше ослабеет и истощится, чем дальше отойдёт от своей родины.
Ещё за пять лет до описываемых событий, когда Наполеон беспощадно бил австрийцев и пруссаков, Барклай-де-Толли так высказался на этот счёт: «Если бы мне пришлось воевать с Наполеоном, то я избегал бы решительного сражения с ним, а отступал бы до тех пор, пока французы, вместо решительной битвы, нашли бы вторую Полтаву».
Соединение двух русских армий планировалось под Витебском. Чтобы выиграть время и дождаться здесь Багратиона, Барклай приказал графу Остерман-Толстому с небольшим отрядом задержать французов, и целый день русский отряд сдерживал неприятеля. Но две русские армии не смогли объединиться под Витебском и причина была в том, что Багратион не мог пробиться через превосходящие силы французов и должен был, отражая атаки противника, отступать к Смоленску, где и произошло соединение двух армий под общим командованием Барклая-де-Толли.
Когда армии соединились, решено было идти навстречу неприятелю, который, как ожидалось, от Витебска направится прямо к Москве, но Наполеон устремился к Смоленску с тем, чтобы неожиданно взять его, выйти в тыл русской армии и отрезать её от Москвы. Гарнизона в Смоленске почти не осталось, а русская армия находилась уже на большем расстоянии от него, чем французская.