Намерение Крузенштерна возвращаться на Камчатку не открытым океаном, а Японским морем, между Японией и азиатским материком, очень не понравилось японцам. Переводчики от имени японского правительства старались всячески отговорить русского капитана от этого намерения. Они уверяли, что плавать неисследованным Японским морем очень трудно: Сангарский пролив между островами Нипон и Иессо (Хоккайдо) очень узок, весь он усеян подводными камнями и крайне опасен своим сильным течением и постоянными туманами, господствующими в северной части Японского моря и в проливе. В последний момент пребывания «Надежды» в Нагасаки губернатор прислал посланнику письмо, в котором уведомлял, что русскому кораблю запрещается впредь приближаться к японским берегам. Несмотря на это, Крузенштерн все-таки решил посвятить три месяца пути на Камчатку исследованию тех мест, которые недостаточно осветил Лаперуз.
Он знал, что ни один из европейских мореплавателей не определил точного географического положения всего западного берега Японии, большей части берегов Кореи, всего западного берега острова Иессо, юго-восточного, восточного и северо-западного берегов Сахалина; кроме того, описи побережья заливов Анива и Терпение требовали проверки и новейшего, более точного и подробного описания, так как за 160 лет со времени их открытия многое могло измениться. В силу всех этих соображений Крузенштерн намеревался обследовать юго-западную и северо-западную часть японского побережья и Сангарский пролив, ширина которого, по лучшим европейским картам, составляла более 180 километров, а по словам японцев — только два километра. Кроме того, Крузенштерн решил исследовать западный берег острова Иессо, восточный и северо-западный берег Сахалина, а также предполагал послать баркас в пролив, отделяющий Сахалин от Татарского берега Азии, чтобы убедиться, можно ли проходить им, и определить положение устья реки Амур. Наконец, он наметил исследование Курильских островов. Значительная часть этого огромного плана была выполнена, правда, не вполне безупречно.
По выходе из Нагасаки «Надежда» направилась к Корейскому проливу, держась вблизи берегов и определяя географическое положение приметных пунктов. В Корейском проливе между Японией и островом Тсу-Сима, лежащим посередине пролива, экспедиция исследовала его часть, названную ею проливом Крузенштерна.