6 августа «Надежда» покинула гостеприимную Данию и через тринадцать дней, 19 августа, прибыла на Кронштадтский рейд, пробыв в кругосветном плавании три года и двенадцать дней.
За все время плавания «Надежда» не потеряла ни одного человека из своей команды. Все вернулись домой еще более здоровыми, чем при отправлении в путешествие.
Путешествие Крузенштерна обогатило науку сведениями о малоизвестных странах и положило начало науке океанографии. Крузенштерн вместе с другими членами научной экспедиции производил во все время плавания точные наблюдения над морскими течениями, температурою и плотностью воды (удельным весом) на разных глубинах (иногда до 400 м), над приливами и отливами, колебаниями барометра в тропических странах. До этого времени этим никто не занимался. Честь почина этого дела принадлежит всецело русским морякам.
Морская съемка берегов Японии, Иессо, восточной части Сахалина, северных Курильских островов, открытие неизвестных островов, определение географического положения многих пунктов, о которых имелись лишь туманные указания, описание обычаев жителей Японии, Нукагивы, Сандвичевых островов, Камчатки и Русской Америки, работы по астрономии и этнографии ученых Горнера, Тилезиуса и Лангсдорфа — представляют труд, которым может гордиться история русского мореплавания.
Это первое кругосветное плавание послужило на пользу всему человечеству. Ученый мир в лице нашей Академии наук, Дерптского университета, Лондонского, Геттингенского, Парижского и других научных институтов и обществ почтил начальника и руководителя экспедиции И. Ф. Крузенштерна избранием его в почетные члены.
Со времени путешествия Крузенштерна начинается непрерывный ряд русских кругосветных плаваний. Снабжение отдельных колоний стало производиться морским путем, и колониальная торговля получила значительное развитие. Крузенштерн, Лисянокий и все моряки и ученые, принимавшие участие в кругосветном путешествии, были щедро награждены. В память столь важного события была выбита особая медаль.
Быстро проходя разные должности во флоте, Крузенштерн был назначен в 1827 г. директором Морского корпуса. Сам хорошо знакомый с недостатками этого заведения, он произвел в нем коренные преобразования. Улучшил общее положение воспитанников, поднял их нравственный и образовательный уровень, устроил обширный музей, библиотеку, физический кабинет и астрономическую обсерваторию.
Наказание розгами было сохранено только для чрезвычайных случаев, и то с разрешения самого директора. Грубое обращение с воспитанниками, дранье за уши и за волосы и т. п. было строго запрещено.