В 1650 году в Пскове и затем в Новгороде вспыхнули бунты, направленные против шведов и вообще «немцев»; в Пскове народ расправился со шведским агентом, прибывшим за деньгами и хлебом, которые должны были быть выданы по мирному договору. В Новгороде не было шведов; бунтари обрушились поэтому на датского агента Краббе, рассчитывая отобрать у него деньги, предназначенные для иноземцев. Обыск его вещей разочаровал бунтовщиков; они напали тогда на некоторых богатых сограждан и подвергли их дома разграблению. Новгородский воевода князь Федор Хилков после неудачной попытки оказать им сопротивление искал спасения во дворце митрополита.
Сведения, дошедшие до нас об этом событии, весьма темны и противоречивы. Митрополит Никон описал этот эпизод в послании к царю; но его указания не внушают особенного доверия, обнаруживая явное намерение автора выдвинуть по этому поводу свою роль и свою личность. Документ тем не менее весьма любопытен; он рисует будущего патриарха подверженным галлюцинациям. Быть может, он искренне верил в них, хотя видения оказались подобранными весьма искусно. Никон уверяет, что в соборе святой Софии созерцал видения, которые предупредили его о предстоящем испытании. Образ Христа, оживившись, возлагал на его голову мученический венец. Если отбросить мистические предзнаменования, можно предположить, что нападение на митрополичьи покои было вызвано слишком энергичным образом действий властного Никона. Он заступился за правительственного пристава, захваченного и высеченного бунтарями, которые бросились тогда в покои митрополита, подвергнувшегося жестоким побоям. Никону пришлось слечь; он харкал кровью и, если верить ему, готовился к смерти. Обладая, однако, несокрушимым здоровьем, он хворал не особенно долго. А новгородские бунтари, последовав примеру псковских, послали в Москву уполномоченных, которые должны были оправдать их действия.
Алексей, следуя дипломатическим традициям московской политики, остерегся проявить свое недовольство. Он лично принял послов и произнес длинную речь, содержавшую защиту его как правителя. В то же время, вместо того чтобы послать в Новгород сильный отряд для подавления бунта, он отправил туда лишь парламентера со слабым прикрытием. Он завязал даже переговоры с одним из вождей восстания, Федькой Негодяевым, который исходатайствовал, чтобы Никону был послан суровый выговор за церковные новшества, которые будто бы возмутили население.
Хитрость завершилась блестящим успехом. Федьке удалось ввести в город небольшой отряд князя Ивана Хованского; царь тотчас же переменил тон, приказав наказать различными карами некоторых бунтовщиков. Поспешность расправы была так велика, что некто Фома Меркурьев был приговорен к наказанию в то самое время, когда ему выражалась признательность за то, что он защищал воеводу и митрополита!