Отступив к Пекину, повстанческий совет принял решение не оборонять город и отойти на запад. Этого требовали главным образом интересы сохранения боевых сил. Кроме того, Ли Цзы-чэн опасался лишиться продовольственных ресурсов, а главное — остаться в окруженном городе, в отрыве от крестьянской массы — его социальной опоры. Нельзя было также не учитывать явно враждебного отношения значительной части столичного населения.
4 июня, через 42 дня после вступления в Пекин, повстанческая армия без боя, в полном порядке оставила город. Накануне во дворце состоялась церемония коронации Ли Цзы-чэна. По замыслу Ли Цзы-чэна, провозглашение его императором должно было помочь ему в организации предстоящей борьбы против маньчжурских захватчиков.
6 июня в Пекин вступили маньчжуры и войско У Сань-гуя. Город стал добычей иноземных изуверов. При помощи китайских предателей они утвердились в столице и провозгласили одного из внуков Нурхаци, князя-малолетку, императором. С этого времени ведет начало правления в Китае маньчжурской династии Цин.
Однако маньчжурам и их сообщникам из числа китайских феодалов-предателей понадобилось еще несколько десятилетий, чтобы подавить сопротивление китайского народа и утвердить свою власть во всем Китае.
До зимы 1645 г. продолжал борьбу с превосходящими силами врага Ли Цзы-чэн. Повстанцы дали несколько решительных сражений преследовавшим их войскам У Сань-гуя и маньчжуров, но не смогли разбить их и продолжали все время отступать далее на юг. Новая попытка совета вождей заключить союз с У Сань-гуем для совместного нападения на маньчжуров также оказалась безуспешной: У Сань-гуй категорически отверг предложения повстанческой верхушки.
Чжан Сянь-чжун, обосновавшийся в Сычуани, и не помышлял о помощи Ли Цзы-чэну и объединении с ним в борьбе против общего врага. В этом заключается одна из конкретных причин ослабления патриотических сил китайского народа и поражения великой крестьянской войны.
В октябре 1645 г. Ли Цзы-чэн с горстью своих соратников был настигнут неприятелем на южной окраине провинции Хубэй и убит. В борьбе погибли многие сподвижники Ли Цзы-чэна.
В 1646 г. под натиском вражеских войск распалось государство Сянь-чжуна. Сам он пал в одном из сражений.
С гибелью Ли Цзы-чэна, Чжан Сянь-чжуна и других крестьянских вождей борьба китайского народа против объединенных сил маньчжурских завоевателей и китайских феодалов-предателей не прекратилась. В северных, центральных и южных районах Китая сложился довольно широкий антиманьчжурский лагерь, включавший крестьян, ремесленников, городские низы, купечество и часть феодалов и чиновничества. Главной, активнейшей силой в этом движении было крестьянство.