В операции у Лашкаргаха спецназ 29 января 1988 года вел разведку, в ходе которой бойцы попали под сосредоточенный огонь гранатометчиков. Выбраться тогда удалось благодаря поддержке с воздуха, трое были ранены, а одному посчастливилось отделаться потерей рюкзака, снесенного гранатой под самые лямки.
С началом вывода войск в мае 1988 года спецназ вместе с остальными частями 40-й Армии покинул прежние места дислокации. 154-й ооспн вернулся в Чирчик, 334-й ооспн также вывели на территорию САВО, а затем — в Белоруссию, покинули Афганистан к концу мая 173-й, 411-й, 370-й и 186-й ооспн. Последние месяцы работы были достаточно насыщены: так, 154-му ооспн удалось выполнить ряд удачных выходов, в том числе со взятием ПЗРК, за что принявший отряд только в январе капитан В.Ф. Воробьев (к слову, самый молодой его командир) был отмечен двумя орденами Красного Знамени. К августу из Афганистана вывели 205-ю и 239-ю «спецназовские» вертолетные эскадрильи. Их опыт в армейской авиации не был востребован и обе эскадрильи расформировали.
Осенью в Афганистане оставались только два отряда, 177-й и 668-й ооспн, действовавшие на севере и вокруг Кабула, причем последний размещался прямо в военном городке штаба 40А. Основной задачей в последние месяцы оставался перехват караванов и пресечение обстрелов столицы и уходящих колонн. Для этого у дорог и на господствующих высотах выставлялись дополнительные блокпосты и опорные пункты, охранявшие места ночевок войск и не допускавшие попыток моджахедов подобраться к дорогам. Всего на восточном направлении от Кабула до советской границы несли охрану 199 сторожевых постов. Зона деятельности спецназа существенно ограничилась, однако и за вторую половину 1988 года силами армии удалось взять 417 караванов, в которых захватили более 30 тыс. PC и 25 тыс. мин. В последние дни 668 ооспн занял блок-посты участка Чаугани-Доши на дороге к границе, а 177-й ооспн охранял режимную пограничную зону у Хайратона.
На западном направлении уход войск из Герата и Шинданда прикрывали разведроты 371-го и 101-го мсп, на восточном, где покидал Афганистан и штаб 40-й Армии, — 701-й орб из состава 108-й мсд и 783-й орб из 201-й мсд. Разведчикам 783-го батальона суждено было стать последними советскими солдатами и офицерами в Афганистане. Сопровождая командующего Армией, они пересекли границу 15 февраля 1989 года.
Список принятых сокращений и обозначений
А — Армия.
Бел ВО — Белорусский Военный округ.
БМД — боевая машина десанта.
БМП — боевая машина пехоты.
бр — бригада.
брспн — бригада специального назначения.