Учли германские кораблестроители и такое специфическое требование: изготовить корпуса подводных лодок разборными и пригодными к перевозке по железной дороге. Ещё больше корректив в конструкцию подводных лодок было внесено после пробных испытаний подводной лодки №-109. Изменения продолжились после испытаний подводной лодки №-110 и не остановились даже после приёма подводных лодок в казну. Конструктивные недостатки подводных лодок этого типа устранялись в течение всей их службы в Российском Императорском флоте.
Прочный корпус подводных лодок делился поперечными переборками на семь отсеков. Он являлся разборным, отсеки скреплялись болтами. Ещё на испытаниях специалисты отмечали слабость крепления секций корпусов подводных лодок. Их подкрепили килями, но и эта мера оказалась недостаточно эффективной. В средней части корпуса находилась рубка, изготовленная из 40-мм немагнитной стали. В ней размещались два перископа длиной по четыре метра каждый с углом обзора 38x28 градусов и 9,7x5 градусов. У основания рубки располагалась корабельная шлюпка – четвёрка. В надстройке хранились баллоны со сжатым воздухом, там были оборудованы керосиновые и масляные цистерны. В кормовой части надстройки размещалось ограждение газовыхлопной трубы. В носовой части корпус приподнимался, образуя небольшой полубак, для увеличения плавучести заполненный пробкой. Однако вскоре выяснилось, что пробка (пластины размерами 60x40x6 сантиметров общим весом 6,8 тонн), которой заполнили всё межкорпусное пространство, не только не обеспечивала плавучести, но и мешала погружению подводной лодки. Она разбухала от воды, и впоследствии её пришлось полностью удалить. Шесть внутренних балластных цистерн общей ёмкостью 10,46 тонн размещались на днище подводной лодки от носового до кормового аккумуляторного отделения. Их дополняли семь внешних цистерн в лёгком корпусе общей ёмкостью 20 – 26 тонн. Одна дифферентовочная цистерна находилась под торпедным аппаратом, две в носовой части, две – в кормовой, ещё две устанавливались между лёгким и прочным корпусом. При модернизации подводных лодок «Карп» и «Карась» одну внутреннюю цистерну переделали в цистерну высокого давления. Это позволяло продувать её на глубине сжатым воздухом. Подводная лодка должна была погружаться за 5 минут, но на испытаниях не удалось добиться результата менее 7 минут 38 секунд. Лишь к концу 1908 года его удалось сократить до 5 минут 18 секунд. Для обеспечения безопасности в нижней части корпуса располагались четыре отрывных киля. В аварийной ситуации они должны были отдаваться немедленно, обеспечивая подводной лодке всплытие из подводного положения. На практике же они либо не отсоединялись совсем, либо выполнение этого действия требовало больших усилий от команды подводной лодки, причём происходило с изрядной задержкой.