Подводную лодку «Карась» поставили в ДОК, осмотрели и установили, что подводная лодка не получила значительных повреждений. Было принято решение поставить подводную лодку «Карась» в ремонт, совместив его с модернизацией, в ходе которой надеялись устранить конструктивные недостатки подводных лодок этого типа. Походы, погружения и участие в маневрах флота выявили ряд достаточно существенных проблем: заливание водой рубки и попадание воды в аккумуляторное отделение, выплескивание кислоты из аккумуляторов при качке, попадание воды в керосиновую систему, приводившее к остановке керосиномоторов и т. д. Но, первоочередной задачей считалась переделка третьей цистерны главного балласта, расположенной внутри прочного корпуса, в цистерну высокого давления для обеспечения её продувания воздухом высокого давления. Это существенно повышало безопасность подводных лодок. Наружные цистерны заполнялись самотёком, а продувались воздухом. Однако время заполнения цистерн было слишком большим, и систему заполнения подводной лодки «Карась» переделали, на подводной лодке поменяли всю арматуру. Для дифферентовки на подводных лодках этого проекта была предусмотрена одна носовая дифферентовочная цистерна, что вызывало большое неудобство при эксплуатации. В ходе работ все механизмы подводной лодки были осмотрены, перебраны и отремонтированы. Аккумуляторные батареи выгрузили на берег. Подводная лодка получила новую аккумуляторную батарею (360 элементов). Работы на подводной лодке «Карась» проводились 1910 – 1911 гг. Ещё до начала ремонта было принято решение усилить вооружение подводных лодок этого проекта, установив на них по два торпедных аппарата системы Джевецкого. Их разместили на палубе побортно в районе второго отсека. На подводной лодке «Карп» подобные работы осуществили в 1911 – 1912 гг. и установили звукопеленгаторную станцию конструкции инженера Р.Ниренберга. В результате испытаний были получены следующие результаты: подводная связь обеспечивалась на дистанции 10 – 12 кабельтов, надводная цель обнаруживалась на дистанции 5-10 кабельтов.
Поворотный решетчатый торпедный аппарат Джевецкого представлял собой раму из двух балок – верхней и нижней, закрепленной в нише надстройки подводной лодки. Балки соединялись двумя полубугелями, выгнутыми по форме торпеды. Торпеда укладывалась на нижнюю балку рамы и с наружной стороны охватывались вторыми (наружными) полубугелями, крепившимися с помощью шарниров к нижней балке. Верхний конец наружных полубугелей закреплялся на верхней балке с помощью пальца-штифта, связанного со штоком пневматического привода.