В самом деле было очень дурно: общее восстание башкирцев, калмыков и других подобных народов пресекало повсюду сообщение. Войско было малочисленно и ненадежно, начальники покидали место и бежали, завидя башкирца или заводского мужика с дубиной. Зима умножила затруднения; селения были пусты, города в осаде, другие заняты пугачевскими войсками, заводы выжжены, чернь везде волновалась и злодействовала. Войска правительства двигались медленно, и тем быстрее распространялся бунт, обхвативший Казанскую, Астраханскую, Нижегородскую губернии, проникнувший в Пермскую.
Но с февраля 1774 года дела стали принимать благоприятный оборот: войска правительства взяли Самару, двигались к Оренбургу на выручку, Пугачев готовился уже к побегу, а казаки думали предать его в руки правительства и тем заслужить прощение. Бибиков писал: «Пугачев не иное что, как чучело, которым играют воры казаки: не Пугачев важен, важно общее негодование». Князь Голицын нанес сильное поражение Пугачеву, который стал уже выбираться из-под Оренбурга. Пораженный в другой раз Голицыным, потерявши все пушки и множество народу, Пугачев только с четырьмя заводскими мужиками успел убежать в Уральские заводы. Михельсон взял Уфу и восстановил спокойствие в большой части бунтовавших деревень; приближение Мансурова спасло Илецкий городок, геройски выдержавший страшную осаду: 14 дней осажденные питались одной глиною.
Но когда дело казалось уже оконченным, Бибиков умер от страшного напряжения сил. Пугачев опять появился на сцену, окруженный яицкими казаками, башкирцы опять взбунтовались. Преследовать самозванца стало нельзя вследствие распутицы. Пугачев успел перейти Уральские горы, взял несколько крепостей. Четыре раза пораженный Михельсоном, он переправился через Каму и пошел прямо на Казань, перед которою явился 11 июля; 12-го город был взят и сожжен, но крепость была спасена прибытием Михельсона, который поразил самозванца в семи верстах от Казани. Пугачев отступил, но 18 июля вдруг переправился за Волгу с 500 человек войска: вся западная сторона Волги возмутилась и передалась самозванцу, воеводы бежали из городов, дворяне – из поместий; чернь ловила тех и других и приводила к Пугачеву, который взял Цивильск и пресек сообщение между Нижним и Казанью.
Императрица назначила главнокомандующим графа Петра Ивановича Панина; она думала, что самозванец прямо пойдет к Москве. 27 июля он вошел в Саранск, повесил здесь 300 человек дворян; потом занял Пензу, посадил здесь воеводою господского мужика и пошел к Саратову; взял изменою и этот город и пустился вниз по Волге. 21 августа он подступил к Царицыну, но был два раза отбит и, слыша о приближении войска правительства, спешил далее вниз, но 25 числа в 150 верстах от Царицына он был настигнут Михельсоном и потерпел решительное поражение.