Несмотря на то что с тех пор Кидду везло — он повстречал и ограбил немало судов, — матросы продолжали роптать. Их недовольства не унял ни захват двух французских судов, ни удачная встреча с «Кведаг мерчэнт» — большим кораблем с грузом почти на пятьдесят тысяч фунтов стерлингов. Капитан Кидд, можно сказать, с чистой совестью обобрал неприятеля, так как среди захваченных судовых документов были обнаружены французские паспорта. Это означало, что часть груза, а возможно, и все судно принадлежало французам.
К этому моменту стало ясно, что «Эдвенчэр гэлли» нуждается в ремонте. Чиниться отправились на Мадагаскар, захватив с собой и два трофейных судна. Здесь и произошли события, в которых до сих пор не все еще ясно. Несомненно одно — команда взбунтовалась, сожгла два из трех судов, после чего присоединилась к пиратскому капитану Калифорду. С немногими верными матросами и частью добычи в тридцать тысяч фунтов Кидду удалось на «Кведаг мерчэнт» уйти от преследования.
Спустя несколько месяцев потрепанное штормами судно Кидда бросило якорь в гавани одного из островов Карибского моря. Матросы, посланные на берег за пресной водой, вернулись с дурной вестью. Они сообщили, что капитан Кидд объявлен пиратом.
Решив, что произошло недоразумение, уверенный в своей невиновности, Кидд поспешил предстать перед губернатором Нью-Йорка, членом «синдиката» Белле-монтом. Правда, на всякий случай накануне визита он закопал на острове Гардинер кое-какие ценности.
Кидд был поражен, когда услышал список своих «преступлений». Он-де грабил всех без разбора и захватил множество кораблей, проявлял бесчеловечную жестокость по отношению к пленникам, скопил и укрыл огромное богатство. Узнал он и о том, что на его розыски были снаряжены военные корабли и что всем матросам, плававшим с ним, кроме него самого, объявили об амнистии. Так родилась легенда о страшном пирате Кидде, на самом деле ничего общего не имеющая с подлинным капитаном.
Дальше события развивались в соответствии с инструкцией, полученной из Лондона. В ней предписывалось «указанного капитана Кидда поместить в тюрьму, заковать в кандалы и запретить свидания…».
Корабль его был конфискован. Когда в надежде на богатую добычу портовые чиновники спустились в его трюм, он оказался пустым. Сокровища исчезли.
В мае 1701 года, после того как Кидда доставили в английскую столицу, состоялся суд, скорый и неправый. Подсудимому отказали даже в праве иметь защитника и выставить свидетелей. Несмотря ни на что, Кидд пытался защищаться, утверждая, что все захваченные им корабли были неприятельскими, на них имелись французские документы. «Где же они?»— спрашивали судьи. Кидд заявил, что передал их Белле-монту. Тот же наотрез отрицал этот факт. Стало ясно, что бывшие партнеры по «синдикату» предали капитана. Почему? Видимо, опасаясь разоблачения со стороны оппозиции, которая без того усилила нападки на министров тогдашнего правительства за содействие «пиратам».