У Шемяки были все причины ненавидеть двоюродную тетку и опасаться ее энергичного, волевого характера. Поэтому мать великого князя во время февральского переворота сразу же взяли под караул и не спускали с нее глаз. Отослав к Василию Темному в Углич жену, его мать Шемяка оставил при себе, под
присмотром. Даже идя из Москвы воевать с восставшим Василием, Дмитрий Юрьевич не рискнул оставить грозную даму в городе, а взял ее с собой. И потом, уже пятясь на север, позаботился переправить Софью Витовтовну в дальнее надежное место – в Каргополь.
Всё этот выглядит так, как будто Шемяка хотел использовать мать своего врага как заложницу, но в те времена на Руси так не делали. Дмитрий Юрьевич просто боялся, что, оказавшись на свободе, старая княгиня принесет ему больше бед, чем ее невыдающийся сын.
Когда стало ясно, что Москвы уже не вернуть, Шемяка с облегчением избавился от тетки, должно быть, сильно ему надоевшей своей строптивостью. Собрав своих бояр, князь сказал им: «А сам бегаю, а люди себе надобныи, а уже истомленыи, а еще бы ее стеречи, лучши отпустити ея ис Каргопол». Бояре не возражали против того, чтобы утомительная старуха ехала на все четыре стороны, и Софья Витовтовна отправилась в Москву, к сыну.
После этого Шемяка еще целых шесть лет не оставлял Василия Темного в покое. Забыв о клятвах (обычное для той эпохи дело), он продолжал именовать себя великим князем, то и дело затевал мятежи в разных областях страны, несколько раз пытался воевать, но ему все время не хватало сил.
В ходе этой долгой, опустошительной для народа войны, Шемяка постепенно лишился всех своих владений, но нашел прибежище в Новгороде – купеческая республика была встревожена усилением Москвы и дала приют самому стойкому ее врагу.
Междоусобица всё длилась и длилась, нравы продолжали ожесточаться. В летописи рассказывается, что в 1450 году, захватив Устюг, Шемяка приказал всех, кто отказывался ему присягнуть, топить в реке, привязав на шею камень. Для Руси это было чем-то неслыханным: убивали у нас легко, понемногу научились и казнить, но попросту, без изысков. Правда, двести лет назад, во время подавления новгородского бунта, Александр Невский резал смутьянам носы, но делал он это, видимо, для татар – хотел понятным им образом продемонстрировать свою лояльность и непреклонность. В недалеком будущем русские обучатся жестокости, но из чтения хроники возникает ощущение, что в середине XV века шемякинские казни еще выглядели чем-то необычным.
Многолетняя гражданская война, изобиловавшая вероломством и преступлениями, закончилась так же некрасиво, как началась.