Вследствие этого повелено было цензора, пропустившего песни, отставить от должности с лишением пенсиона. Цензором был директор саратовской гимназии, который, однако, сумел отписаться и оправдаться. Я думал, что доберутся и до меня, но меня не спрашивали». Как бы то ни было, в отличившийся Саратов был назначен новый полицеймейстер, «отличившийся тем, что на первых же порах, желая угодить начальству, неблагосклонно взглянувшему на песни, ездил по городу с казаком и приказывал бить плетью людей, которых заставал с гармониками поющих песни». А в начале следующего года этот полицеймейстер решил ужесточить режим всех поднадзорных лиц. Однажды он затребовал к себе всех ссыльных и поднадзорных.
«Я был позван в числе прочих, — говорит историк, — и увидел кроме знакомых мне сосланных поляков несколько мужчин и женщин, содержавшихся под надзором не за политические дела, но за всякого рода преступления и проступки. Тут были, как я узнал, и содержательницы домов терпимости, и оставленные в подозрении по разным уголовным делам, между прочим, и по тому еврейскому делу, которое не так давно принесло мне столько неудовольствия. Полицеймейстер, вошедши с грозным начальническим видом, начал читать всем составленные им правила, заключавшие в себе разные наставления о добропорядочном поведении, например: не ходить по кабакам, по зазорным домам, не буянить, не пьянствовать до безобразия и т. п.; но вместе с тем навязывал на всех обязанность не выезжать за городскую черту, ни с кем не сноситься и не вести корреспонденции иначе как с его ведома и разрешения. Прочитавши такое нравоучение, он требовал, чтобы все давали подписку в соблюдении начертанных им правил. Призванные стали подписываться. К удивлению моему, я увидал, что поляки, содержавшиеся по политическим делам, также безропотно подписывались. Когда же очередь дошла до меня, я сказал, что давать такой подписки не стану, потому что хотя я и состою под надзором, но под особым, и по высочайшему повелению определен на службу, в которой я нахожусь».
Дело могло кончиться худо, но Костомаров потребовал, чтобы вопрос был разрешен у губернатора, который к нему благоволил, и вместо того, чтобы наказать историка за дерзкий ответ, губернатор дал ему звание делопроизводителя статистического комитета. Новая должность не мешала ему заниматься историческими изысканиями, он все так же работал с разного рода старинными актами и занялся даже разбором рукописей саратовского собора, некогда отобранных у раскольников. В числе этих рукописей, добавляет с гордостью, он «нашел превосходный и полный список „Стоглава“, самый старейший и самый правильный из всех, какие мне случалось видеть после того».