Новое изделие потребовало ряда доработок: автоматы первых серий не могли выпускать требуемую по техническому заданию одну непрерывную очередь с расходом полного боекомплекта. После первых 150 выстрелов из-за перегрева требовалось пятнадцатиминутное охлаждение блока стволов и лишь затем можно было продолжать стрельбу. Был ряд и других серьёзных дефектов, связанных с надёжностью системы в целом (работой кинематики, подачей патронов и прочностью узлов).
В ходе серийного производства на Ижевском машиностроительном заводе удалось со временем устранить большую часть конструктивных недочётов и обеспечить приемлемую надёжность изделия. Доработанная пушка позволяла выпускать одной очередью до 300 снарядов. Сложной задачей оказалось крепление пушки на самолёте: в авиационном варианте ГШ-6-30А имела отдачу в 5500 кг. Ударные нагрузки при стрельбе были слишком мощными для конструкции МиГ-23БМ — всё же его планер являлся переделкой довольно лёгкого истребителя. Установка отрабатывалась на деревянном макете, на котором увязывались узлы и агрегаты. При первой же пробной стрельбе из «шестистволки» макет попросту развалился.
>Этот популярный снимок носит явно постановочный характер — «готовое к взлету» звено МиГ-27 на самом деле стоит у самого торца полосы…
Когда приступили к отладке орудия на самолёте, сразу возникло множество проблем. В результате первых испытаний в воздухе выяснилось, что ударные и частотные характеристики, полученные при стрельбе из ГШ-6-30А на земле, не соответствуют тому, что имеет место в воздухе. Первая же стрельба в полёте закончилась тем, что после очереди из 25 снарядов все приборы в кабине отказали. В дальнейших испытательных полётах бывали случаи деформации и даже срыва щитков передней опоры шасси, из-за сильных вибраций буквально рассыпался патронный рукав и отказывало РЭО в закабинном отсеке.
Чтобы уменьшить влияние стрельбы на конструкцию, ось пушки наклонили вниз на 1°13’. Доводкой системы занимались Тульское ЦКБ и отдел вооружения микояновского ОКБ (ведущими специалистами по отработке пушечной установки были В. Г. Артемьев и А. В. Тюрин) с привлечением специалистов НИИ авиационных систем, ведавшего «огневыми» вопросами и проводившего на полигоне в подмосковном Фаустово контрольные отстрелы и эксперименты. На вооружение пушка 9А621 была принята в 1975 г.
Артиллерийское вооружение МиГ-23БМ могло усиливаться за счёт подвески пушечных контейнеров СППУ-22-01 с подвижными в вертикальной плоскости орудиями ГШ-23 с боекомплектом в 260 патронов. Для контроля за результатом атаки в обтекателе на левой половине неподвижной части крыла был установлен фотоконтрольный прибор С-13-100-ОС.