Конструктивно новый самолёт был во многом сходен с МиГ-23УБ, но, несмотря на это и даже внешнее подобие, начало выпуска нового истребителя-бомбардировщика на иркутском заводе принесло немало проблем. По планеру вопросов не было, но вот новый прицельно-навигационный комплекс доставил массу забот. Характеристики изделия не соответствовали заданным, оборудование страдало множеством дефектов, из-за его ненадёжности срывалась сдача машин, и сборочный цех был часто забит самолётами, не прошедшими военную приёмку. Потребовалось вызывать из Ленинграда представителей ПО «Электросила», которые в буквальном смысле надолго прописались в заводском общежитии. В цехе № 15 для доработчиков пришлось организовать специальный производственный участок, где они занимались ПрНК, снимавшимися со всех МиГ-27 первых серий. Ситуация сложилась катастрофическая: производство нельзя было остановить, у каждого цеха имелся свой план, но на выходе не оказывалось ни одной кондиционной машины.
Доработчики трудились круглые сутки, обеспечивали входной контроль поступавшего от смежников оборудования, регулировали и настраивали блоки, занимаясь тем, что должны были сделать ещё на заводе в Ленинграде. После приёмки военпредами очередного доработанного комплекса его вновь ставили на самолёт, проверяли на борту и только после этого машину выкатывали на аэродром. Со временем на заводе накопилось столько МиГ-23БМ, что нужно было сдавать по машине в день. С целью выхода из сложившегося кризиса директор завода В. А. Максимовский организовал штаб, координировавший действия подразделений предприятия.
Производственным планом предусматривалась сдача в первый же год 160 самолётов. Обосновав задержки нехваткой специалистов на сборке, он добился в МАП решения о присылке в Иркутск почти 200 человек, командированных с разных предприятий сроком на три месяца. Это были специалисты высокой квалификации с авиазаводов Комсомольска-на-Амуре, Смоленска и Новосибирска. Для поощрения рабочих была введена более щедрая система оплаты, не предусмотренная нормативами, но для выхода из прорыва приходилось нарушать КЗОТ и удлинять смены чуть ли не вдвое. Поскольку в Иркутске в то время был дефицит продуктов, из госфондов заводу выделялись продовольственные пайки. Кроме этого, организовали премирование рабочих. При выполнении цехом плана созывали собрание и вручали отличившимся дефицитные бытовые товары — телевизоры, холодильники и прочее.
Заводской штаб, в который входили главный инженер завода Ф. Р Кугель, начальник производства М. Г. Лукьянцев, главный диспетчер Л. А. Маневич, начальник конструкторского отдела завода Ю. П. Фаберовский и главный технолог А. А. Образцов, заседал ежедневно, выявляя «узкие места». В отстающие цеха направляли специалистов, где те принимали решения, которые тут же выполнялись.