Комплекс обеспечивал прицельное бомбометание с горизонтального полёта, пикирования или кабрирования, стрельбу из встроенной пушки и СППУ, пуск НАР или управляемых ракет по наземным и воздушным целям, а также применение двух видов оружия по наземной цели в одной атаке. На прицельно-пилотажном индикаторе в зависимости от задачи информация воспроизводились в режимах «Ручное управление» («Поиск»), «Лидер», «Линия разрывов» («Шпага»), «Кольцо», а при отказе ЦВМ — «Коллиматор».
Первый режим («Ручное управление») применялся как при самолётовождении и поиске цели, так и при сбросе бомб и пуске ракет. Режим «Лидер» использовался при директорном управлении самолётом, бомбометании с кабрирования или навигационном бомбометании, для чего индекс на ИПП показывал лётчику направление полёта. При сбросе бомб с горизонтального полёта, пикирования или выходе из него в режиме «Линия разрывов» прицеливание выполнялось таким образом, чтобы линия прицельной марки (так называемая «шпага») проходила через цель. Режим «Кольцо», как и неподвижная сетка прицела, использовался для стрельбы из пушки и пуска НАР по воздушным целям (марка прицела действительно выводилась в виде светового кольца, которым следовало обрамить цель).
На МиГ-23БК устанавливалась новая РСБН «Коралл-И», а позднее и система дальней навигации (РСДН) А-720 «СКИП-2», радиостанции Р-832М «Эвкалипт-СМУ» и Р-864Б, радиокомпас АРК-19М «Оленёк» и радиовысотомер РВ-15 (А-031) «Репер-М». Ответчик СРО-2М в ходе серийного выпуска уступил место новому СРО-1П системы «Пароль-2Д», а станция Р-832М — более совершенной Р-862. Бортовой регистратор параметров полёта САРПП-12ГМ заменили на бортовую записывающую аппаратуру «Тестер-УЗ». Датчик угла скольжения ДУС-3М под носовой частью фюзеляжа сняли как недостаточно надёжный, а его функции стал выполнять ДИСС-7, дававший лучшую точность измерения.
В связи с установкой новых систем и аппаратуры, перекомпоновали размещение приборов и оборудование в кабине лётчика. Ряд из них был заменён на более совершенные. Так, вместо УАП-1А на приборной доске установили комбинированный указатель углов атаки и перегрузок УАП-4, новый навигационно-плановый прибор ПНП-72-6М (взамен НПП), индикатор станции «Берёза», изменили размещение некоторых приборов и пультов управления. Самолёт комплектовался системой автоматического управления САУ-23БИ, инерциальной курсовертикалью ИКВ-8 и системой управления вооружением СУВ-2-26.
Для повышения безопасности и обеспечения надёжности пилотирования на околокритических углах атаки на самолёте была внедрена активная система ограничения углов атаки, активно воздействовавшая на управление машиной. Ручку управления оснастили ограничителем хода с толкателем, который препятствовал выводу самолёта на опасные углы. При энергичном взятии ручки на себя шток толкателя отправлял её вперед, причём скорость его хода зависела от темпа задирания носа, исключая возможность динамического заброса на больший угол.