По планеру особого внимания требовали сварные стальные конструкции, особенно центральный бак-отсек № 2, где после нескольких сотен часов налёта встречались трещины по швам и течи топлива. Те же заметные потёки керосина появлялись по панелям крыльевых кессонов и фюзеляжных баков № 1 и № 3 (причина — слабый крепёж). Иногда в предварительную подготовку, а то и между полётами, приходилось перебрасывать с одной стороны на другую основные колёса, истиравшиеся с наружной стороны — работа грязная и нелёгкая, для которой пятнадцатитонную машину требовалось поднять на домкраты. Как ни старались конструкторы, избавить самолёт от этого недостатка полностью не удалось, и проблему частично решили переходом на новые усиленные покрышки колёс КТ-163 из износостойкой резины. На машинах первых серий колёса имели подшипники с латунным сепаратором, который часто разрушался. Его, чтобы не менять весь комплект барабана, кое-как скрепляли по месту, дотягивая до очередных регламентных работ. Из-за значительных потребных усилий при выпуске шасси, случалось, стойки могли не сразу стать на замки, и их нужно было «дожать». Когда в 88-м апиб капитану Кириленко не удалось выпустить шасси до конца ни аварийным способом, ни перегрузкой, он добился своего рискованным манёвром: снизившись над полосой, лётчик коснулся бетонки основными колёсами. На другом самолёте это могло бы закончиться складыванием шасси, но благодаря специфической кинематике стоек МиГ-27 от удара они встали на замки, и машина нормально села.
В начале эксплуатации ощущалась нехватка запчастей, поставки которых не были налажены агрегатными заводами, что приводило к простаиванию машин. Иногда с нелетающих снимали агрегаты и оборудование для обеспечения боеготовности оставшихся в строю самолётов. Нередко при этом обнаруживалась слабая взаимозаменяемость и «индивидуальность» узлов, особенно по оборудованию: отлаженные и настроенные блоки с одного МиГ-27 отказывали на чужом «борту», ПрНК начинала сбоить, и специалисты сбивались с ног, пытаясь заставить комплекс работать. Надёжность ПрНК при этом оставляла желать лучшего, к работе на «автомате были готовы, в лучшем случае, несколько самолётов в эскадрилье, а очередные доработки не всегда положительно сказывались не то что на повышении точности, но и на самой работоспособности комплекса. Проблем прибыло с поступлением «кайр», более сложных и требовательных в работе и обслуживании. В полках часто доходило до того, что самолёты с «хорошим характером» берегли, избегая лишнего вмешательства в работу аппаратуры, не сажая в кабину кого попало и доверяя «золотой фонд» наиболее знающим лётчикам. На них выполняли полёты при проверках и учениях, зарабатывая хорошие зачётные оценки за поражённые «в автомате» цели. Как гласил популярный тогда в частях лозунг: «Каждую бомбу, ракету, снаряд — в цель!»