Царь в это время находился в своей летней резиденции, подмосковном селе Воробьеве. На следующий день, 25 июня он собрал бояр в Новоспасском монастыре у постели митрополита. Стали обсуждать, как ликвидировать последствия беды и помочь населению. Но неожиданно выступили князья Скопин-Шуйский, Темкин-Ростовский, бояре Федоров-Челяднин, Нагой, дядя царицы Григорий Захарьин. Утверждали, что пожар начался «злодейством» – поджигательством и волшебством. Удивленный царь приказал разобраться. А заговорщикам только этого и требовалось.
26-го они собрали в Кремле массу отчаявшихся и растерянных погорельцев. Громогласно задавали вопросы, кто поджигал Москву, а их агенты в толпе закричали: «Глинские!» Озвучивалась бредовая версия, будто бабка царя Анна «вынимала сердца мертвых, клала в воду», кропила этой водой город, а потом обернулась сорокой, летала и разносила огонь. Нервная и возбужденная людская стихия взорвалась… Анны и Михаила Глинских вообще не было в Москве, они на лето уехали в свои ржевские имения. А Юрий Глинский находился здесь же, на площади. Он был ошеломлен услышанным, хотел спрятаться в Успенском соборе, но его выволокли и забили камнями.
Заговорщики манипулировали толпами, нацеливая их на своих врагов. Москвичи кинулись ко дворам Глинских, разграбили, а их слуг «бесчисленно побиша». На летнюю службу в Москву прибыл отряд «детей боярских» из Северской земли. Организаторы мятежа сочли их помехой для своих планов, тоже объявили «виновными», и их растерзали. Причем из ссылок были вызваны Шуйские! Кем вызваны? А неизвестно! Вызвали те, кто уже знал – с царской опалой можно больше не считаться. В эти же дни взбунтовался еще один город – Новгород. Но он забузил без всяких пожаров. Архиепископ Феодосий писал в столицу о «великих убийствах», грабежах и указывал, что новгородцев подпоили. Вполне может быть, что и в Москве для «подогрева» настроений использовалось спиртное.
Ну а рядом с царем очутился вдруг некий священник Сильвестр. Он происходил из Новгорода. Известно, что он сам и его родственники вели очень крупную торговлю за рубежом. В Москву он перебрался незадолго до пожара и был назначен священником в Благовещенский собор. Хотя это была «семейная» церковь великих князей. Без протекции поступить туда было невозможно. Но к митрополиту он никакого отношения не имел. Их взгляды на церковные вопросы коренным образом различались. Святитель принадлежал к иосифлянам, позиция Сильвестра была близка к нестяжателям. На вопрос, кто помогал устроиться этому человеку, исследователи отвечают однозначно – Адашев.