Судебник был завершен и принят в июне 1550 г. Он не только обобщил существующие законы и указы. Внедрялись важные новшества, причем они нацеливались на защищенность простых людей. Четко определялись статьи дохода, на которые имели право наместники и волостели. В судах вместе с ними теперь должны были заседать выборные земские старосты и целовальники. Мало того, Судебник впервые в Европе обеспечивал неприкосновенность личности! (Британский закон о неприкосновенности личности, Нabeas Corpus Act, был принят только в 1679 г.) Наместник не имел права арестовать человека, не предъявив доказательств его вины земскому старосте и двум целовальникам. В противном случае староста мог освободить арестованного и по суду взыскать с администрации штраф «за бесчестье». Подтверждалось право освобождать человека от наказания при надежном поручительстве.
Расследование уголовных преступлений тоже должен был осуществлять не наместник – для этого по городам и волостям избирались губные старосты. В перечень преступлений впервые в России (и в Европе!) включались взятки. А вопрос о тяжких преступлениях решался только в Москве. Без доклада царю наместники не имели права «татя и душегубца и всякаго лихого человека… ни продати, ни казнити, ни отпустити». Судебник предусматривал и налоговую реформу, облегчавшую положение простонародья.
Еще одной сферой, где важно было навести порядок, являлись дела церкви. Для этого несколько раз созывались Освященные соборы. На одном из них канонизировали еще 16 святых – князя Всеволода-Гавриила Псковского, мучеников князя Михаила Черниговского и боярина его Феодора, святителей Нифонта, Евфимия, Стефана Пермского, преподобных Савву Вишерского, Ефросина Псковского, Григория Пельшемского и др.
Но потом начали готовить Собор о проблемах и недостатках церковной жизни, и опять вдруг разгорелся спор о церковной собственности. И если в царствование Василия III ярым апологетом нестяжательства выступал Вассиан Косой, то сейчас аналогичную позицию занял Сильвестр. Впрочем, сам он был весьма увертливым царедворцем, от конфликта с митрополитом уклонялся. Он лишь настраивал царя соответствующим образом. А для подкрепления привлек «старца» Артемия Пустынника, личность странную и сомнительную. Сперва он подвизался в Псковско-Печерском монастыре, ездил в Ливонию, имел какие-то беседы с заграничными богословами. А после этого ушел в «заволжские обители». Сильвестр откуда-то знал о нем, извлек из «пустыней» и представил государю.
По протекции Избранной рады никому не ведомого «старца» одним махом возвели на высокий и почетнейший пост, игуменом Троице-Сергиева монастыря! Вместе с Сильвестром он принялся поучать царя «села отнимати у монастырей». Но Иван Васильевич впервые нарушил безоговорочное повиновение Сильвестру. Слушал не только его и Артемия, а беседовал с митрополитом. В результате выработали компромисс. Церковная и монастырская собственность сохранялась, признавалась неприкосновенной. А в казну изымались земли, переданные боярами во время малолетства Ивана, а также взятые монастырями у «детей боярских» и крестьян «насильством», за долги (это было незаконно, земли «детей боярских» и черносошных крестьян принадлежали государю).