6. Сбрасыватель повернуть на 180° для удобства его использования.
7. Улучшить обзор задней полусферы.
8. Колпак кабины сделать открывающимся в воздухе.
9. Спинку сиденья отклонить назад на 20–30°.
10. Тахометры переставить в кабину.
11. Осветить контрольные указатели подъема шасси (солдатики)…»
Это лишь небольшой перечень пожеланий военных, которые в целом пришли к мнению, что доработанный самолет может занять свою нишу в ВВС.
В заключении же отчета сказано:
«1. Самолет Як-6 № 02 <…> в предъявленном виде имеет ряд существенных недостатков, не позволяющих использовать его как массовый ночной бомбардировщик…
2. Обязать завод № 47 в январе 1947 г. предъявить эталон самолета <…> на контрольные испытания, на котором устранить <выявленные> дефекты…
3. Самолет нужно выпускать в таком виде, чтобы один и тот же экземпляр <…> можно было при необходимости использовать в бомбардировочном, транспортном, связном, санитарном и десантном вариантах.
4. Просить НКАП:
а) форсировать запуск в серийное производство моторов М-12, имеющих большую мощность…
в) спроектировать и построить для самолета Як-6 2М-11Ф винт с двумя положениями лопастей».
>Линейка Як-6 на заводском аэродроме.
Однако промышленность игнорировала пожелания заказчика, и в феврале 1943 года заместитель главного конструктора А. А. Синицын заявил представителям ВВС, что Яковлев дал указание до получения серийного мотора М-12 доводкой Як-6НББ не заниматься.
В итоге выпуск Як-6 ограничили лишь в грузовом и штабном вариантах, причем на трех заводах. Завод № 47, эвакуированный из Ленинграда в г. Чкалов (Оренбург), с 1942 по 1943 год построил 249, № 464 в подмосковном Тушине за тот же период изготовил 50, а № 471 в Шумерле (Чувашия) — 82 Як-6.
Эти самолеты широко использовались на фронте и эксплуатировались до полной выработки своего ресурса, до конца войны. Например, 10 октября 1943 года 600-й транспортный авиаполк (командир В. А. Петров) был переведен на новый штат из пяти эскадрилий, из которых четыре (43 экипажа) перевооружили на самолеты Як-6. В ходе учебно-боевых полетов, начатых в июне того же года, полк налетал на Як-6 936 часов, из них ночью — 355 часов. К тому времени полк входил в состав 4-й авиадивизии особого назначения и базировался на аэродроме Подлипки (г. Калининград Московской области, ныне г. Королёв).
На 9 января 1944 года в полку числилось 37 Як-6.
В 1944 году полк выполнял специальные задания штаба ВВС РККА по доставке людей, технического имущества, вооружения и других специальных грузов на передовые аэродромы ВВС действующей армии. Например, с 22 марта по 4 мая семь экипажей на Як-6 в период весенней распутицы при наступлении 2-го Украинского фронта выполняли задания командующего 5-й воздушной армии по снабжению передовых и подвижных соединений боеприпасами и продовольствием.