Местом сбора судов Армады был определен португальский Лиссабон - самый большой порт океанского побережья Иберии, обладавший довольно большой гаванью в устье реки Тахо и большими для своего времени кораблестроительными и ремонтными мощностями. Еще не построенный флот назвали "Felicisima Armada" - "Наисчастливейшая Армада", намекая на его освященную Папой миссию.
В марте 1586 г. де Базан предоставил детальный расчет сил, необходимых для проведения операции. Отплывающий к берегам Англии флот должен был состоять из военных кораблей, исполняющих функцию эскорта, и большого количества транспортов с войсками для высадки. Чтобы обеспечить разгрузку войск с океанских транспортов, в составе флота предполагалось иметь несколько больших гребных судов. Командовать соединением должен был лично генерал-капитан.
Этот план сразу же был оспорен Алессандро Фарнезе. В своей записке от 20 апреля 1586 г. тот писал Филиппу II: "Идея большого каравана транспортных и военных кораблей - глупа и примитивна. Собрание парусников разного размера, разного класса, разной вооруженности, наконец, просто разной скорости - это самый неудачный способ произвести успешную операцию". Фарнезе предлагал следующее: армада военных кораблей отплывает из Лиссабона, минует Канал и проследует к Корнуоллу, где будет только угрожать высадкой английскому побережью. Плюсов в этом плане главнокомандующий видел несколько:
- не надо тащить с собой мимо берегов Франции около 500 транспортов с войсками, которые придется забрать из торгового флота;
- можно не брать с собой гребные суда, ибо специально построенные в Дюнкерке плоскодонки (Фарнезе, используя леса, растущие недалеко от Лилля, обещал построить до 100 таких судов) вполне смогут как форсировать Канал, так и подойти близко к английским берегам для высадки;
- военные корабли будут лишь приманкой для английского флота, который надо будет оттянуть от побережья Фландрии.
Помимо плюсов план имел и довольно крупные минусы. Во- первых, надо было точно рассчитать время готовности Армады и собрать войска в Дюнкерке. Во-вторых, было ясно, что голландский флот будет блокировать испанские порты во Фландрии[* На тот момент Антверпен был взят испанцами, поэтому, если бы выход Армады планировался на 1586 год, угрозой голландского флота можно было бы пренебречь.], соответственно, надо было как-то снять блокаду. В-третьих, районы Дюнкерка и Остенде изобиловали мелями и песчаными барами, что ограничивало большие испанские корабли в маневре и возможностях подхода к берегу. В тех водах плоскодонные голландские и английские суда имели преимущество в противодействии высадке и действиях около берега. Кроме того, не ясно, как Фарнезе надеялся подготовить к отплытию 100-200 судов в абсолютной тайне, чтобы об этом не узнали голландцы и англичане? И даже если б это удалось, каким образом можно было заранее просчитать погоду для высадки, ведь малые плоскодонные суда имеют ограниченную мореходность? Филипп II, прочитав письмо фламандского наместника, собственноручно начертал на нем: "Практически невыполнимо!".