В 1999 г. после прошедших в стенах Академии Рождественских чтений руководство разрешило разобрать одну из стен часовни и в соседнем кабинете устроить алтарь, чтобы можно было служить литургию и совершать другие православные таинства непосредственно в здании закрытого для посторонних учреждения. К юбилею Академии 12 сентября 1999 г., в день перенесения мощей благоверного князя Александра Невского, силами прихожан храм был готов. Появились у церкви и свои благотворители, которые активно жертвовали старинные и заказывали новые иконы для храма. Иконостас был написан одной из жен офицеров. Освятили храм 10 ноября 1999 г.
В 2004 г. принял сан священника один из офицеров Академии, который и служит теперь в своем родном храме. Постоянными прихожанами являются не только преподаватели и учащиеся, но и члены их семей. Совершаются не только таинства исповеди и причастия, но также крещение и венчания.
Александра Невского, благоверного князя, в Александровском убежище увечных воинов церковь (уничтожена).
Рядом с селом Всехсвятским, во Всехсвятской роще в августе 1878 г. открыли Александровское убежище для увечных престарелых воинов с домовой церковью святого князя Александра Невского. Призреваемые жили в пятнадцати домиках по восьми человек в каждом. Все постройки, включая и церковь, были возведены на частные пожертвования и входили в состав Общества для поощрения трудолюбия, которым руководила известная в то время в Москве благотворительница Александра Николаевна Стрекалова, урожденная княжна Касаткина-Ростовская.
«Проехав около версты от военного лагеря, сворачиваем с Санкт-Петербургского шоссе и мимо часовни в память посещения императрицей, въезжаем через ворота с железной аркой, на которой читаем прорезные слова: “Состоит под Высочайшим покровительством Ее Императорского величества Государыни Императрицы Марии Федоровны”, – пишет корреспондент (иллюстрированная газета «Новости дня», № 6256 от 20 октября 1900 г.). По соседству с Александровским убежищем несколько позднее было выстроено Алексеевское убежище – приют для увечных офицеров. Летом 1907 г. во Всехсвятском состоялась закладка Сергиево-Елисеевского трудового убежища для увечных воинов русско-японской войны. Храм во имя благоверного князя Александра Невского был заложен 23 августа 1881 г. великим князем Николаем Николаевичем в память мученической кончины императора Александра II и освящен 12 июля 1883 г. Авторы постройки – Александр Петрович Попов и Андрей Николаевич Козлов возвели монументальное сооружение, завершавшееся высоким шатровым куполом и соединявшееся с шатровой колокольней. В довольно пустынной пригородной местности, каким было Всехсвятское в те годы, постройка играла роль вертикальной доминанты, привлекая к себе взгляды всех проезжавших по Петербургскому шоссе путешественников. О характере внутреннего убранства храма можно только догадываться, так как даже у историографа этой местности И.Ф. Токмакова нет ни описания, ни фотографии интерьера. Известно, что в 1893 г. храм перестраивали, стараясь сделать его более просторным. По свидетельству периодической печати того времени, при Александровском убежище увечных воинов в сосновой роще была открыта лечебница, в которой находилась афонская икона Божией Матери «Неувядаемый Цвет», а затем появилась и аптека. При аптеке имелись амбулатория, лаборатория, кабинет доктора, приемная и квартира аптекаря.