После ареста Берии в июне 1953 года в органы госбезопасности активно направляли людей из партийного аппарата и кадровых военных. Заместителем министра внутренних дел по кадрам и начальником управления кадров назначили соответственно заведующих секторами отдела административных органов ЦК КПСС. Панюшкин в июле 1953 года возглавил 2-е главное управление (внешняя разведка) МВД.
17 сентября министр Круглов, его заместитель Серов и начальник разведуправления Панюшкин представили в ЦК проект положения о 12-м отделе разведуправления. В документе значилось: «признать целесообразным осуществление актов террора». В аппарате ЦК «акты террора» заменили на «активные действия».
Почти сразу же, осенью 1953 года, в Кремле возникла мысль о том, что такой монстр, как единое Министерство внутренних дел, надо раздробить.
4 февраля 1954 года министр внутренних дел Сергей Никифорович Круглов представил в ЦК записку с предложением выделить из МВД оперативно-чекистские подразделения и создать на их основе «Комитет по делам государственной безопасности при Совете министров СССР».
Структура нового комитета предлагалась такой: главное управление по разведке в капиталистических странах;
главное управление по контрразведывательной работе внутри страны;
управление по контрразведывательной работе в Советской армии и военно-морском флоте;
отдел по оперативно-чекистской работе на спецобъектах промышленности;
служба наружного наблюдения; шифровально-дешифровальная служба; управление по охране руководителей партии и правительства;
следственная часть;
учетно-архивный отдел (архив, статистика, внутренняя тюрьма);
служба оперативной техники;
отдел по изготовлению средств оперативной техники, средств тайнописи, документов для оперативных целей, экспертизе документов и почерков;
радиоконтрразведывательная служба…
8 февраля на заседании президиума ЦК обсуждалась записка Круглова. Ход дискуссии записывал Владимир Никифорович Малин, заведующий общим отделом ЦК, особо доверенный помощник Хрущева.
Обсуждение свелось к кадровым вопросам.
Круглова решили оставить министром внутренних дел. Хрущев настоял на том, чтобы комитет госбезопасности возглавил преданный ему генерал Иван Серов.
Заодно задумались о том, кого делать первым заместителем председателя Комитета госбезопасности. Возникла кандидатура Александра Семеновича Панюшкина, который был и на партийной работе, и на дипломатической. Но воспротивились два влиятельных члена президиума ЦК.
Министр обороны Николай Александрович Булганин решительно сказал, что «Панюшкин не подходит». С ним согласился глава правительства Георгий Максимилианович Маленков, который знал начальника разведки по работе в ЦК: