Виктор Михайлович руководил КГБ шесть лет. Он не очень любил Крючкова, но был слишком инертен, чтобы думать о смене начальника разведки. Первое время новый генеральный секретарь Михаил Сергеевич Горбачев дорожил надежным и неамбициозным председателем КГБ, унаследованным от Андропова. Но потом увидел, что Чебриков не только внутренне сопротивляется духу перемен, но и не очень годится на эту роль. Молчаливый, строгий и немногословный Чебриков казался, наверное, человеком, который более всего боится сказать лишнего. Потом выяснилось, что ему, возможно, просто нечего сказать. Горбачеву был нужен человек с более широким кругозором, более гибкий и готовый ему помочь.
В январе 1988 года Крючков получил звание генерала армии. А в сентябре Горбачев передвинул Чебрикова с поста председателя КГБ на уже менее значимый пост секретаря ЦК, куратора административных и правоохранительных органов. На его место был назначен Крючков. 1 октября Владимир Александрович приступил к исполнению обязанностей председателя Комитета госбезопасности.
Почему Горбачев предпочел именно Крючкова? Ему предлагали кандидатуру другого первого заместителя председателя КГБ – генерала армии Филиппа Денисовича Бобкова, бывшего начальника Пятого управления. Можно предположить, что Горбачев выбрал человека из разведки, полагая, что тот меньше руководителей внутренних подразделений КГБ станет противодействовать перестройке.
Крючкова приблизил к Горбачеву член политбюро и секретарь ЦК Александр Николаевич Яковлев. После смерти Андропова Крючков почувствовал себя крайне неуверенно. Он лишился опоры и стал искать, на кого опереться. Полковник внешней разведки Александр Викторович Киселев вспоминал, как в августе 1985 года на коллегии КГБ разбирались случаи побега чекистов на Запад.
«Как хлестали и безапелляционно критиковали все присутствующие начальника разведки! Как дружно они срывали на нем какое-то непонятное миру зло! И ни слова о глубинных причинах всех происшедших в разведке неприятностей…
Я искренне переживал за своего начальника, отлично сознавая, что его личная вина минимальна, что внешняя разведка состоит из живых людей, что это – частичка того сообщества, которое именуется советским народом, переживающим идейную деградацию и экономическую катастрофу. Под мудрым руководством КПСС».
Крючков еще при жизни Черненко поверил в судьбу Горбачева, но не знал, как подойти к нему. Он попытался сделать это через Яковлева, близкого к Горбачеву. Александр Николаевич вспоминал, как «Крючков напористо полез ко мне в друзья, буквально подлизывался ко мне, постоянно звонил, зазывал в сауну, всячески изображал из себя реформатора».