Но это Литвиненко не спасло. В марте 1999 года его арестовала Главная военная прокуратура по обвинению в превышении полномочий с применением насилия при проведении следственных действий. Адвокаты оспорили законность ареста в суде, и в ноябре военный суд признал Литвиненко невиновным. Тогда сотрудники ФСБ арестовали его вновь – прямо в зале суда. Но суд вновь выпустил его под подписку о невыезде. Осенью 2000 года бывший подполковник Литвиненко с семьей покинул Россию и через Турцию перебрался в Англию, где получил политическое убежище… Летом 2002 года его заочно судили в России и приговорили к трем с половиной годам тюремного заключения.
А его товарищ, другой бывший сотрудник ФСБ Михаил Трепашкин, был задержан 22 октября 2003 года. Его обвинили в разглашении государственной тайны. В мае 2004 года Московский окружной военный суд приговорил его к четырем годам. Он отбывал наказание в Нижнетагильской колонии-поселении № 13 (для бывших сотрудников правоохранительных органов). В 2005 году Трепашкина условно-досрочно освободили, но дома он провел девятнадцать дней. Решение – невиданное дело! – отменили, и его вернули за решетку.
Александр Литвиненко в октябре 2006 года получил британское подданство. С помощью разных журналистов он написал несколько книг – «ФСБ взрывает Россию» (о причастности госбезопасности к взрыву домов в 1999 году), «Лубянская преступная группировка», «Вызываю себя на допрос». Многие утверждения Литвиненко вызывали серьезные сомнения, поскольку не подтверждались фактами, но рисовали чудовищную картину тесного сращивания спецслужб с криминальными структурами.
Отношение к самому Литвиненко и к его словам изменилось после его убийства.
1 ноября 2006 года он встретился в Лондоне с бывшими коллегами по ведомству госбезопасности. Это бывший сотрудник главного управления охраны Андрей Константинович Луговой, Дмитрий Вадимович Ковтун и Вячеслав Геннадьевич Соколенко. В тот же день Литвиненко почувствовал себя плохо, и жена положила его в больницу. Его состояние ухудшалось так быстро, что лондонские врачи забеспокоились. Его перевели в университетскую клинику, где предположили, что он отравлен каким-то радиоактивным веществом. Но не удавалось установить само вещество.
Поздней ночью 23 ноября 2006 года он скончался от острой сердечной недостаточности. Только за три часа до смерти удалось обнаружить следы радиоактивного вещества «полоний-210». Стала ясна причина смерти. Если бы полоний не нашли, его смерть не была бы признана убийством, не было бы оснований и для возбуждения уголовного дела. Возможно, убийцы на это и рассчитывали.