Троицкая башня также не случайно заинтересовала Н. С. Щербатова. Во-первых, в 1812 году где-то в башенных тайниках спрятал ценности начальник дворцового управления П. С. Валуев. Во-вторых, в 1852 году после ливня в размытой мостовой у подножия башни открылись четыре подземные палаты, и в воротах башни провалом была обнаружена «жилая комната». В самой стене виднелись очертания каких-то громадных арок. Щербатов задумал проникнуть в таинственные подземные палаты, устроив новую подземную галерею, так как вход в эти палаты был неизвестен. Рабочие долго пробивали каменную кладку, работа заняла целый месяц, и недоброжелатели Щербатова ехидно называли ее «битьем лбом в стенку».
Надежды археолога оправдались: галерея привела в тайную палату с белокаменными сводами, высотой 5 метров! В полу ее виднелся люк, заложенный плитой, через него попадали в нижнюю палату. Рядом с ней была обнаружена еще одна тайная палата. Из второй верхней палаты в правой ее стене начинался длинный, узкий и низкий тоннель. После расчистки этого тоннеля от земли оказалось, что внутри кремлевской стены проходит белокаменная лестница длиной около 10 метров. Все найденные палаты имели отдушины, также забитые землей. Интересно, что в полу одной из верхних палат была пробита дыра для спуска в нижнюю, хотя рядом в стене существовала ниша, внизу которой имелся спуск вниз.
Поражает глубина заложения палат-тайников – более 9 метров от поверхности земли. Историки предположили, что в начале XVI века эти тайники собирались использовать при обороне Кремля для подслушивания подкопов и совершения вылазок, а позже их превратили в тюрьмы. Возможно, палаты использовали как «каменные мешки», ведь выход из них был один, к Судному приказу. Князь Н. С. Щербатов был уверен, что из нижней задней палаты должен существовать лаз в тайник, идущий внутри кремлевской стены к Угловой Арсенальной башне. Он начал расчищать палаты, заваленные мусором и землей. И действительно, в одной из палат нашли две человеческие кости со следами ударов острым орудием и обломок меча.
О тайниках под Первой и Второй Безымянными башнями ничего неизвестно. Если когда-то они и существовали, то, по всей вероятности, пострадали в 1547 году при взрыве пороховой палаты под Петровской башней, когда была разрушена часть кремлевской стены. В 1770 году Первую Безымянную башню снесли, а впоследствии восстановили ближе к Тайницкой башне. Именно поэтому специалисты считают, что подземные тайники следует искать под стеной между двумя этими башнями.
Обследовавший Кремль в 1918 году архитектор И. Е. Бондаренко сообщал, что в Беклемишевской башне имеется «