Рядом, на месте сгоревшего сруба, были найдены вещи, относящихся к «Смутному времени»: седельная кобура для пистолета, костяные пороховницы, ножны от шпаги, каменные ядра, многочисленные красные рельефные изразцы с батальными сюжетами и т. п. Кроме того, на той же Манежной площади был обнаружен огромный денежный клад: около 80 тысяч серебряных и медных монет общим весом около 40 килограммов были спрятаны в корнях дуба, некогда росшего в самом центре Москвы.
В другом раскопе под основанием фундамента был обнаружен бревенчатый сруб – погреб, внутри которого сохранилась ступенчатая деревянная лестница. Среди находок тут встречаются разнообразные керамические сосуды и поливные кубышки. Наряду с монументальными зданиями были раскрыты белокаменные и кирпичные погреба, деревянные и булыжные уличные мостовые, бревенчатые водостоки и колодцы, различные хозяйственные сооружения, где были найдены старинные ремесленные инструменты из кованого железа. На участках у торговых лавок было найдено множество монет, большое количество обуви и других изделий из кожи.
В нижележащем культурном слое были открыты деревянные сооружения – подклеты домов, погребки, ледники, дворовые частоколы, относящиеся к XV–XVII векам. Здесь были обнаружены редкие терракотовые плитки и красные рельефные изразцы, различные виды оружия и воинского снаряжения, каменные и металлические ядра и уникальная кожаная кобура седельного пистолета. В керамических развалах собраны десятки горшков, кубышек и рукомоев.
При раскопках была раскрыта вся планировка Стрелецкой слободы XVI–XVII веков, найдены многочисленные предметы быта, нательные серебряные кресты, оружие, выявлена и жилая застройка хозяйственных дворов, где прекрасно сохранились изделия из бересты, кожи, бочарная посуда; тележные колеса и даже мельничные жернова.
Настоящей сенсацией стало открытие пластов XII–XIII веков, в том числе отложившихся до разорения Москвы Батыевой ордой зимой 1237–1238 годов. На шестиметровой глубине были найдены украшения русских горожанок: стеклянные и металлические браслеты, подвески, перстни, бусины из горного хрусталя и янтаря, а также и обычные для этого времени бытовые предметы, в том числе характерная московская керамика.
Исторические недра Манежной площади таили захоронения Моисеевского монастыря, основанного в конце XVI века и упраздненного в 1765 году. Когда над зоной монастыря строителями был вскрыт асфальт и снят техногенный балласт, выявились признаки некрополя, в котором оказалось более 600 захоронений в деревянных долбленых колодах, расположенных в четыре яруса. При расчистке захоронений сделаны редчайшие находки: нательные резные деревянные кресты и керамические, стеклянные, металлические сосуды для благовонного миро. Найдены и уникальные ткани, причем, благодаря особенностям грунта, отличающегося особой кислотностью, они сохранили первозданный цвет. По завершении раскопок останки были эксгумированы и перезахоронены на подмосковном кладбище в Ракитках, по древнему обряду, с отпеванием, которое совершил настоятель Казанского собора на Красной площади.