Сохранилось несколько писем Евдокии к Петру и ни одного ответа царя. В 1689 году, когда Петр отправился на Переяславское озеро, Евдокия обращалась к нему с нежными словами: «Здравствуй, свет мой, на множество лет. Просим милости, пожалуй государь, буди к нам, не замешкав. А я при милости матушкиной жива. Женишка твоя Дунька челом бьет». В другом письме, адресованном «лапушке моему», «женишка твоя Дунька», еще не подозревавшая о близком разрыве, просила разрешения самой прибыть к супругу на свидание. Два письма Евдокии относятся к более позднему времени – 1694 году, причем последнее из них полно грусти и одиночества женщины, которой хорошо известно, что она покинута ради другой. В них уже нет обращения к «лапушке», супруга не скрывает своей горечи и не может удержаться от упреков, называет себя «бесщастной», сетует, что не получает в ответ на свои письма «ни единой строчки». Не упрочило семейных уз и рождение в 1690 году сына, названного Алексеем.
Отношения между двором Петра в Преображенском и официальным двором в Кремле, корректные в первые годы правления Софьи, постепенно, по мере того как взрослел Петр, приобретали оттенок враждебности. Обе стороны зорко следили за действиями друг друга. В Преображенском не остались незамеченными участившиеся появления правительницы Софьи в разнообразных церемониях. 8 июля 1689 года правительница совершила вызывающий поступок – она осмелилась вместе с царями участвовать в соборном крестном ходе. Разгневанный Петр сказал ей, что она, как женщина, должна немедленно удалиться, ибо ей непристойно следовать за крестами. Однако царевна оставила без внимания упрек Петра, и тогда он в состоянии крайнего возбуждения умчался в Коломенское, а оттуда в Преображенское. В окружении Петра вызывало недовольство и то, что в титуле официальных актов упоминалось имя правительницы – «благоверной царевны и великой княжны Софьи Алексеевны». Царица Наталья Кирилловна открыто выражала возмущение: «Для чего она стала писаться с великими государями вместе? У нас люди есть, и они того дела же покинут».
Если в Преображенском на эти действия Софьи смотрели как на попытку приобрести популярность и в конечном счете произвести правительственный переворот, то и в Кремле аналогичные опасения вызывали увеличение численности потешного войска и непрерывные заботы Петра о его вооружении. Оговорим, однако, что сохранившиеся документы не дают основания утверждать, что у Петра в это время проснулось властолюбие и он проявлял такой же интерес к власти, как, скажем, к кораблестроению или военным потехам. Честолюбие на первых порах надо было подогревать, что и делала царица, руководимая советниками, более опытными в политических интригах.