Надежды на «доброе рождение» не оправдались и на этот раз. Повторный штурм, предпринятый в конце сентября, опять не принес успеха и сопровождался большими потерями. В начале октября осада была снята, и месяц с лишним спустя русские войска находились уже в Москве. Единственным трофеем похода оказался пленный турок, которого вели впереди шествовавших через Москву войск.
Петр во время похода совмещал обязанности первого бомбардира, обстреливавшего крепость ядрами, и фактического руководителя всей кампании, причем руководителя, проявлявшего нетерпение, – это по его настоянию были предприняты недостаточно подготовленные штурмы.
Урок был тяжелым. До сих пор царю приходилось иметь дело с игрушечными войсками и штурмами игрушечных крепостей. Командиры осаждавших и оборонявшихся войск в промежутке между «сражениями» устраивали веселые пирушки. Теперь шла настоящая война с ее тяготами и жертвами, с ожесточенным сопротивлением противника, который не прощал ошибок. Наступило время для трезвого анализа упущений.
Петр здесь оказался на высоте: его нельзя заподозрить в попытках затушевать неудачу. Напротив, он стремился доискаться до ее подлинных причин. В письмах к друзьям Петр иронически называл первый Азовский поход «походом о невзятии Азова», чем признавал безуспешный исход кампании, обнаружившей множество недостатков и прежде всего слабую инженерную подготовку войск. Взрывы мин оставляли нетронутыми крепостные стены, но зато наносили урон самим осаждавшим. Нуждалась в совершенствовании система управления войсками – штурмы производились разновременно. Оставляла желать лучшего и выучка войск. Лишь подготовка Преображенского и Семеновского полков, сформированных на основе потешных рот, находилась на уровне современных требований. Наконец, у русских не было флота, следовательно, они не могли блокировать крепость и лишить ее гарнизон возможности получать подкрепления.
Легче всего было упорядочить командование войсками. Петр назначил вместо трех равноправных командующих двух военных руководителей и каждому из них поручил управление определенным родом войск. Сухопутные войска передавались в руки генералиссимуса Алексея Семеновича Шеина, а для управления пока еще не существующим флотом Петр призвал своего любимца Лефорта. Ни военных дарований, ни ратных подвигов за ними не числилось. Боярин Шеин сделал обычную в то время придворную карьеру, ни разу не побывав на поле брани. Уроженец самой сухопутной страны в Европе, швейцарец Лефорт, весельчак и балагур, не любил утруждать себя какими-либо заботами. К Азову он прибыл позже всех и раньше всех отправился в Москву, к командованию флотом он так и не приступил. Другими военачальниками царь тогда не располагал. Но в данном случае это и не имело значения, так как фактическим руководителем похода являлся он сам, а Шеин и Лефорт были всего лишь подставными лицами.