Но до превращения небольшой крепости в столицу и крупный экономический центр страны было еще далеко. Это случится много лет спустя, а сейчас, в 1704 году, предстояло защищать возвращенные земли от сильного и коварного неприятеля, не раз пытавшегося пробиться в устье Невы. Две неотложные меры предпринимает царь. Прежде всего он создает на острове Котлин, что в 30 верстах от Петербурга, крепость Кронштадт. Комендант крепости должен был руководствоваться инструкцией, подписанной Петром 3 мая 1704 года: «Содержать сию ситадель, с божиею помощью, аще случится, хотя до последнего человека». Царь часто посещал остров, наблюдая за строительством укреплений. Когда дело подходило к концу, он сказал: «Теперь Кронштадт в такое приведен состояние, что неприятель в море близко появиться не смеет. Инако разобьем корабли в щепы. В Петербурге спать будем спокойно».
Оборона территории лишь гарнизонами сооруженных крепостей отдавала инициативу наступательных операций неприятелю. Чтобы лишить противника этого преимущества, необходим был флот. Петру принадлежит образная мысль: «Всякий потентант (т. е. правитель), который едцно войско сухопутное имеет, одну руку имеет, а которой и флот имеет, обе руки имеет». Зацепившись за берега Невы, Петр незамедлительно приступил к созданию флота. Уже в 1703 году на Олонецкой верфи состоялась закладка 43 кораблей разных типов, а сам царь, руководивший строительством, вернулся в Петербург на фрегате с символическим названием «Штандарт». Наименование первому кораблю Балтийского флота было дано «в тот образ, понеже тогда четвертое море присовокуплено». Ранее на царском флаге изображался двуглавый орел, державший в клювах и когтях карты трех морей, принадлежавших России. Теперь на штандарте появилось изображение четвертого моря.
Одновременно царь закладывает верфь в самом Петербурге. Знаменитая Адмиралтейская верфь, обеспечившая к концу войны военно-морское превосходство России на Балтике, приступила к сооружению кораблей в 1705 году. Первый военный корабль был спущен на воду в апреле 1706 года.
Указа, официально объявлявшего Петербург столицей, издано не было. Принято, однако, считать датой превращения города на Неве в столицу 1713 год, когда в Петербург окончательно переехал двор, Сенат и дипломатический корпус.
Чем руководствовался Петр, перенося столицу из Москвы, географического центра страны, который располагал издавна существовавшими экономическими связями с периферией, в новое неустроенное место на окраине государства?
Отчасти это решение объяснялось личными мотивами – антипатией к старой столице, проявлявшейся хотя бы в том, что он с юных лет предпочитал кремлевскому дворцу Преображенское. С Москвой у Петра ассоциировались силы, выступавшие лично против него и против дела, которому он служил: старая столица оказалась ареной его борьбы за власть с Софьей и оплотом старозаветных традиций.