Тайный приказ, находящийся в прямом ведении царя, также их обеспокоил, почувствовали подрыв своего влияния на государственную службу, исполнительную и судебную власть, пока контролируемую ими через существующие приказы. Новые регулярные полки вместо поместного воинства тоже не вписывались в их традиционные понятия, страшили своей необычностью и неизвестностью нового, также, как и учреждаемый генеральный штаб и школы. Зачем принимать что-то непонятное, когда старая воинская служба справляется, пусть и худо-бедно, со своими заботами, такая мысль не давала боярам согласиться с нововведениями. По всем моим указам дума так и не смогла дать прямой ответ. Как мне донесли соглядатаи из думы, бояре решили заморочить с их обсуждением, протянуть время, а там как судьба ляжет.
По царскому Судебнику без согласия думы мои указы просто не принимались к исполнению, предписывалось условие "Царь сказал, бояре приговорили" или "По указу царя бояре приговорили". Царские распоряжения без ведома думы допускались в исключительных случаях, и то по незначительным вопросам. Даже Иван IV Грозный, несмотря на свою крутость в отношении боярства, вынужден был указы проводить с такой формулировкой. До абсолютной монархии в России еще долгий век, только Петру I удалось переломить ситуацию. Проводившаяся Иваном IV и последующими царями политика сильной царской власти, обуздания боярского самоуправства серьезно пострадала при Василии Шуйском, "боярском царе". При вступлении на престол он дал обещание, что наиболее важные судебные дела будут рассматриваться совместно с Боярской думой, не подвергать опале бояр без согласия Думы.
Вот с таким наследием пришлось мне вступать в свое царствование. Придется мне применить силу и влияние, продавить сопротивление бояр. Указом от своего имени отменяю послабления Шуйского, объявляю его клятву-грамоту отступлением от царского Судебника, принятого Великими князьями и царями рода Рюриковичей, посему неправомочной. Против такого хода у думы нет законного основания противопоставить мне свое несогласие, и я следом ввожу указ о наказании государственных преступников, коим я вправе по уложению сам учинить приговор. По моему приказу Федор Шереметев с отрядом службы безопасности арестовал всех заговорщиков, собрал на лобном месте московский люд и зачитал указ о преступных деяниях обвиняемых и вынесенном приговоре.
Собравшийся народ, помнящий недавнее низложение законного государя и его убийство, вызвавшее новую смуту и появление Лжедмитрия II, восторженно принял приговор цареубийцам, а затем все увеличивающейся толпой направился за повозкой с преступниками на Болотную площадь, к месту казни. Там уже воздвигли эшафот, палач с секирой ожидал приговоренных у плахи. Под охраной служилых людей из Земского приказа приговоренные поднялись на помост, им дали помолиться, а потом по указанию дьяка подводили к плахе, насильно ставили на колени, палач одним ударом отсекал голову. Так казнили Григория Валуева, Ивана Воейкова, Николая Мыльникова.