Реформы внедрялись трудно, прежде всего непониманием самого народа, что они же ему дают, да и присущей всему населению приверженности старым порядкам - нашими отцами и дедами заведено, не нам их ломать. Пришлось самыми простыми, очевидными примерами и доводами убеждать простой люд в нужности перемен, заинтересовывать их льготами и послаблениями. Иногда приходилось принуждать особо тугодумных или нерешительных идти в общем деле, в чем ретивые служивые перебирали, вызывая недовольство людей. Также не просто было преодолеть неспешность ведения дел службами и управами, даже после чистки от самых негодных. Понадобилось устанавливать на всех уровнях управления конкретные сроки исполнения, наказывать нерадивых, пока не произошел сдвиг к лучшему. И все же, при всех трудностях, реформы позволили стране уже в следующем, 1612 году, выправить бедственное положение, уйти от края нищеты и разрухи.
Кроме того на казне благотворно сказалась секуляризация монастырей, которую я провел зимой с согласия патриарха и большей части иерархов церкви. К государству вернулись огромные земельные площади, монастырские крестьяне, денежные и другие средства, также уменьшилось количество самих монастырей, их перевели в крупные. Серьезного сопротивления монастырского братства мы не встретили, все же обет нестяжания, даваемый монахами, прямо предписывает им неимущее состояние. Но в монастырском руководстве, утратившем влияние в мирской среде, возникли крамольные мысли, объединившие их с другими недовольными нашими реформами, особенно среди остатков боярства и поместного дворянства, потерявшими какие-то льготы, а также бесконтрольную власть над своим крестьянством.
Осенью 1612 года наши противники предприняли попытку государственного переворота в Москве, нескольких городах центральной и западной части России. Они организовали тайные общества, рекрутировали своих сторонников среди бояр и дворян, бывших чинов приказов и служилых людей, оказавшихся ненужными новой власти, привлекли даже разбойных любителей чужого добра и гуляющих казаков, готовых за плату зарезать родного отца, вооружили их и запланировали согласованное, одновременное выступление в крупных городах. Наша Управа государственной безопасности под началом Семена Ододурова с самого начала заговора отслеживала действия смутьянов, в их ряды внедрили своих доносчиков, но дали возможность созреть мятежу, чтобы потом одним ударом уничтожить всех недовольных.
В ночь накануне дня мятежа усиленные войсками отряды безопасности совершили налет на схроны и базы заговорщиков, окружили и уничтожили преступные банды, арестовали вожаков и их подельников. Следователи Управы оперативно устроили допрос задержанных, по их признаниям последовали новые аресты злоумышленников. В течении нескольких суток была нейтрализована вся сеть заговора, опутавшая почти половину городов страны, счет задержанных и уничтоженных бунтовщиков перевалил за пять тысяч и продолжал расти. Среди них оказались не только бояре и дворяне, но и представители других сословий, духовенства, даже чины Управ, войсковые командиры, пользовавшиеся доверием новой власти и предавшие ее. Следствие велось два месяца, затем его материалы передали в земские суды по обвинению заговорщиков в государственной измене.