Первое время в царствовании Феодора Иоанновича большим значением в государевых делах пользовался боярин Никита Романович, дядя Государя — брат царицы Анастасии, но после его смерти это значение перешло к ближнему боярину Борису Феодоровичу Годунову — брату жены царя Феодора. Будучи возможным заместителем, в силу указанного родства, русского престола после бездетного царя, Годунов стремился к этому всеми возможными средствами и, конечно, не мог быть расположен к другим царским родственникам, а именно к Романовым — сыновьям Никиты Романовича, а таковых было пять человек: Феодор, Александр, Михаил, Иван и Василий.
Будучи избран в действительности на царство, Борис Годунов, стремясь обезопасить себя и свой род от возможных притязаний Романовых, принял меры к опорочению их в глазах народа и к удалению их от двора. За неимением действительных вин и преступлений был пущен в ход практиковавшийся в те времена оговор. Дворовый человек Романовых Бартенев, по соглашению с братом царя Бориса Семеном Годуновым, обвинил своих господ в том, что у них было на Бориса «коренье», которым они будто бы собирались «извести царя». Вслед за доносом, в 1601 году, все братья были сосланы с семьями в разные места, а старший из них, Феодор, пользовавшийся большой популярностью и любовью на Москве, был пострижен в монахи под именем Филарета. Из прочих братьев наиболее опасным Годунову казался Михаил, молодой красавец, богатырь, получивший по тому времени прекрасное образование от бывших уже на Москве иностранцев-учителей и отличавшийся энергией, удалью и строгой нравственностью. Особое внимание поэтому было обращено на него, а сам он был сослан в «Пермь Великую» в село Ныроб, где и поместили его в нарочно вырытой землянке, предварительно заковав в двухпудовые цепи. Бывшие на нем железа весили 39 фунтов, ручные кандалы 12 фунтов, ножные — 19 фунтов и замок 10 фунтов.
Александр Никитич был сослан «к стюденому морю» в Усолье Луда, Василий Никитич в Пелым. Оба эти брата пользовались сравнительной свободой и лишь находились под стражей. Наконец, Иван Никитич, хотя и был первоначально тоже сослан, но как «недужный», т. е. больной, а следовательно, неопасный Борису, вскоре был возвращен и награжден различными почестями. Таким образом, двое из братьев, т. е. Филарет и Иван пережили свою ссылку и Бориса; что же касается прочих, то они почти одновременно были умерщвлены спустя год после ссылки, по всей вероятности, по почину приставленной к ним стражи, которой надоело возиться с заключенными в диких захолустных местах.