24 октября 1939 года вопрос о Жемчужиной вновь рассматривался на Политбюро. По инициативе Сталина было принято постановление, в котором наиболее опасные обвинения с жены Молотова были сняты и названы «клеветническими». Полине Семеновне инкриминировали только «неосмотрительность и неразборчивость» в связях. На основании этого 21 ноября 1939 года она была освобождена от поста наркома рыбной промышленности и назначена начальником Главного управления текстильно-галантерейной промышленности Наркомата легкой промышленности РСФСР.
В феврале 1941 года на XVIII конференции ВКП(б) Жемчужина была выведена из числа кандидатов в члены ЦК. Само по себе это не было наказанием — просто начальнику главка Наркомата легкой промышленности состоять в ЦК было не по чину. Но Молотов демонстративно воздержался при голосовании по этому вопросу. Тем более
что в свое время возражал против назначения Полины наркомом — опасался, что с большой высоты будет больнее падать, и догадывался, что друг Коба, да и просто недоброжелатели поспешат в случае чего использовать любую ее оплошность против него. Жемчужина же, услышав о своем исключении из кандидатов в члены ЦК, прямо в зале заседаний забилась в нервном припадке, и Молотову пришлось силой разжимать зубы жены, чтобы влить ей в рот лекарство.
Сталин несколько раз демонстративно отвергал на Политбюро некоторые предложения Молотова по хозяйственным вопросам, чтобы показать, что лиц, не подлежащих критике, в Политбюро нет. А по поводу доклада Вячеслава Михайловича на XVIII съезде партии 14 марта 1939 года о третьем пятилетием плане Политбюро на следующий день по инициативе Сталина приняло специальное постановление. В нем говорилось:
«Признать неправильным, что т. Молотов в своем докладе... не остановился на итогах дискуссии и на анализе основных поправок и дополнений к тезисам. Предложить т. Молотову исправить это положение».
В заключительном слове на съезде Молотов вынужден был изложить основное содержание предсъездовской дискуссии по пятилетнему плану. Подобного рода публичные порки (пусть и для узкого круга соратников) Иосиф Виссарионович устраивал Вячеславу Михайловичу неоднократно, чтобы тому служба медом не казалась. И чтобы Молотов и все остальные помнили, что расстрелять их можно в любой момент.
Жемчужина, возможно, уже тогда навлекла на себя гнев вождя тем, что покровительствовала еврейской интеллигенции. Говорили, что не без ее содействия Соломон Михоэлс в 1939 году был удостоен звания народного артиста СССР. Она не раз бывала по служебным делам за границей и, почти как всякая другая еврейка, имела там родственников. Так, осенью 1936 года она побывала в США, где, согласно некоторым предположениям, будто бы выполняла личное поручение Сталина пролоббировать с помощью своего брата Сэма Карпа, жителя Нью-Йорка, заказ на строительство для СССР двух линкоров стоимостью 200 миллионов долларов.