В вооруженных силах антигитлеровской коалиции наблюдалась иная картина. Британская кавалерия к началу войны была расформирована, а у США оставался один конный полк, расквартированный на Филиппинах, французы влили кавалерийские подразделения в мобильные дивизии.
Как самостоятельный род войск кавалерия продолжала оставаться в вооруженных силах Италии, Польши, Румынии и Японии.
Воюющие стороны, как правило, уводили племенных лошадей с занятых ими территорий. После того как в 1939 году советские войска вступили на территорию Восточной Польши, часть арабского поголовья Янов-Подлясского завода отправили в Терский конный завод. Немцы, оккупировав Польшу, сделали попытку восстановить племенной состав Янов-Подлясского завода, собирая лошадей в ближайших к заводу крестьянских хозяйствах, но, как только началось советское наступление, угнали этих лошадей в Германию. Точно так же они поступили в 1943 году с лошадьми липицианской породы из Италии. Знаменитые жеребцы из Венской школы были вывезены в Германию уже в 1945 году, перед самым окончанием войны.
Война решительным образом сказалась на судьбе тракененской породы. Когда советские войска вошли в Восточную Пруссию, немецкое командование распорядилось вывезти с Тракененского завода несколько самых ценных жеребцов-производителей, а прочих племенных лошадей погнали своим ходом в потоке беженцев. В результате часть их оказалась на территории, оккупированной англичанами и американцами, а часть, в том числе тракененское маточное поголовье, досталась советским солдатам.
Этих лошадей отправили в конный завод имени Кирова, расположенный в Ростовской области. Существует версия, что сначала отечественные специалисты намеревались смешать тракенов с другими трофейными лошадьми и создать таким образом новую породу; для нее даже придумали название — кировская. Однако от этой идеи вскоре отказались и перешли на чистопородное разведение, причем курировали этот процесс профессор Витт и лично маршал Буденный. В СССР тракенов использовали в пограничных войсках, в кавалерии, в спорте. Именно тракены русского разведения достигли серьезных успехов на спортивной арене, превзойдя своих собратьев из ФРГ, где после войны тракененскими стали считаться все лошади, чьи родители происходили из Восточной Пруссии. Тракененских жеребцов не хватало, и в племенной работе их заменяли чистокровными верховыми. Прилитие крови другой породы в таких масштабах привело к потере изначального типа.
Часть тракенов после войны попала в Польшу: например, четырнадцать лучших племенных кобыл советские власти передали полякам в качестве возмещения ущерба за вывезенных в 1939 году арабских лошадей польского разведения. Однако поляки никогда не ставили перед собой задачу чистопородного разведения тракенов. На основе двух ныне исчезнувших пород, познанской и мазурской, с добавлением крови тракенов, арабов, чистокровных верховых и ганноверанов они вывели великопольскую породу. В научной литературе ее относят к верхово-упряжным, то есть ее представители пригодны как для верховой езды, так и для работы в упряжи, в том числе для легких сельскохозяйственных работ.