В последние годы большинство исследователей сходятся на том, что одомашнивание лошади произошло сравнительно недавно, 5–6 тыс. лет назад. Многие ученые ориентируются на останки лошадей в человеческих захоронениях: коль скоро такие останки есть, значит, скорее всего, лошадь была культовым животным — и, следовательно, домашним. Религиоведы подсказывают, что культовым животным, как правило, становится очень значимый для конкретного этноса биологический вид — тот, без которого немыслимо выживание. Впрочем, Марша Левайн из Кембриджа, отвечая на вопрос о времени одомашнивания, считает, что оно произошло позже, чем думают большинство ее коллег. По ее мнению, предметом культа, в том числе и погребального, может быть и дикое животное. Это также согласуется с наблюдениями религиоведов: действительно, культовым может быть не только домашнее животное, такое, как корова, но и промысловое (тюлень, кит), на ловле которого держится весь быт охотников. Таким образом, наличие ритуальных предметов с изображением только лишь коня еще не указывает на факт его одомашнивания — на него указывало бы изображение использования лошади, например под всадником или с колесницей. С другой стороны, использование диких животных в похоронном обряде — явление очень странное и не типичное для большинства известных науке древних культур.
Следующий важный вопрос касается точного места одомашнивания лошади в Евразии. В попытке ответить на него современные ученые прибегают к анализу ДНК, причем как ископаемых лошадей, так и лошадей современных. В первую очередь эти исследования показывают наличие родственных связей между разными современными породами — или же отсутствие прямого родства там, где оно, казалось бы, должно быть. Например, в 1995 году немецкие и английские ученые пытались с помощью такого анализа выяснить происхождение мустангов. Оказалось, что часть ДНК этих лошадей схожа с ДНК португальских соррайя, в то время как с другими полудикими европейскими породами заметного генетического сходства не было. Повторное исследование показало: в современной популяции мустангов очень мало вариантов митохондриальной ДНК, которая передается по материнской линии практически без изменений. Это означает, что своим происхождением они обязаны очень небольшой группе лошадей, завезенных конкистадорами. Всего у исследованных особей было обнаружено 93 варианта митохондриальной ДНК, из них 77 возникли, как считается, еще до одомашнивания. Родство с лошадью Пржевальского обнаружено не было. Исследование также позволило выделить 17 разных генетических групп лошадей, объединенных общим происхождением. Например, одна из них оказалась общей для заводских пород Пиренейского полуострова и лошадей Северной Африки. В то же время знаменитую арабскую породу так и не удалось однозначно отнести к какой-либо из групп.