В 1786 году после смерти императора Фридриха II завод был передан из королевской собственности в государственную. Теперь доходы от продажи молодых лошадей шли на покупку новых производителей. Управляющим стал Карл фон Линденау, который поставил цель создать лучшую породу в стране — и, надо сказать, преуспел в этом.
В 1791 году в Пруссии появился золотисто-гнедой жеребец Туркмен-Атти. Его происхождение неизвестно. Говорили, что он был привезен из Дамаска, но ходили слухи, будто австрийский премьер-министр князь Кауниц, подаривший его немцам, сбыл таким образом с рук подарок Екатерины II. Имя свое он получил случайно: увидевший его в Берлине турецкий посланник воскликнул: «Туркмен-атти!» — что означало «туркменская лошадь». Видимо, посланник разбирался в лошадях, поскольку на гравюрах, изображающих Туркмена-Атти, явно лошадь туркменского типа, а не арабского. В Тракенен этот жеребец не попал, но на заводе были производителями его потомки.
В число производителей Тракенена Линденау включил также чистокровных верховых и арабов. В результате качество лошадей улучшилось, и спрос на них вырос даже за пределами Пруссии.
В 1806 году Наполеон разбил прусскую армию за один день. Началась эвакуация конных заводов, в результате которой тракены попали в Россию. После заключения Тильзитского мира в 1807 году домой вернулись лишь 180 лошадей, остальные погибли от болезней и голода. В 1812 году заводы были эвакуированы снова, на этот раз в Верхнюю Силезию, и вернулись в Восточную Пруссию в 1813 году.
В 1878 году была выпущена племкнига тракененских лошадей. Жеребятам, рожденным в заводе, начали давать имена. Сам завод превратился в маленькое государство со своей больницей, гостиницей, училищем, почтой, коровами. Здесь проводились испытания: трехлетние лошади участвовали в стипль-чезах и охотах. К концу XIX века все верховые лошади Пруссии имели примесь тракененской крови.
После Великой Французской революции в 1789 году во Франции закрылись королевские конные академии, где всадников обучали классической выездке, — эти заведения воспринимались французами как пережиток монархической эпохи. Но кавалерийские школы как заведения для подготовки кавалеристов не ушли в прошлое. В 1809 году Наполеон открыл такую школу под Парижем, а в 1814 году Людовик XVIII восстановил, уже не в первый раз, знаменитую школу в Сомюре, где стали готовить инструкторов для кавалерийских частей Франции. В 1823 году эту школу перенесли в Версаль, но Карл X Бурбон вскоре вернул ее в Сомюр. Лошадей для сомюрской школы закупали в Ирландии, а ездили кавалеристы не в старинных седлах испанского или португальского образца, как было принято в королевских академиях, а в английских, без высоких лук.