Скифские кони славились выносливостью и неприхотливостью. Страбон писал, что скифы и сарматы кастрируют своих лошадей, чтобы сделать их более послушными. Филипп Македонский пригнал в Македонию табуны скифских лошадок для своей конницы. Согласно сохранившимся изображениям, это были кони маленькие, 120–130 сантиметров в холке, коротконогие и грубокостные, косматые, горбоносые. Но существовал и другой тип скифской лошади — более крупный, не менее 150 сантиметров в холке, а иногда и выше, с длинной шеей и длинными сухими ногами. Останки таких лошадей находят и в Причерноморье, и в алтайских курганах скифской эпохи — так далеко простирались владения этого народа. Высокие скифские кони отдаленно похожи на туркменских лошадей, причем на некоторых останках сохранился волос с характерным золотистым блеском. Не известно, попали эти лошади на Алтай к скифам в качестве трофеев или разводились ими самими.
Алтайские курганы скифской эпохи относятся к V–III векам до н. э. В них многое хорошо сохранилось, включая изделия из войлока, кожи и ткани. Возле деревни Берель в 1998 году был обнаружен могильник III века до н. э., уже частично разграбленный. В северной его части лежали тринадцать лошадей мужского пола (жеребцы и мерины) с украшениями и снаряжением. Они лежали головами на восток, ноги их были поджаты. У трех из них были позолоченные деревянные рога, приставленные к головам. Возможно, это свидетельство совершения жертвоприношения по случаю похорон вождя. По таким случаям могли приносить в жертву не только коней: Геродот описывает ритуал царских поминок, при котором убивают слуг и лошадей, набивают их тела опилками, сажают человеческие трупы на лошадиные и устанавливают на кольях вокруг могилы.
Лошади из кургана возле деревни Берель были протестированы по ДНК. Они, как выяснилось, образуют семь генетических групп. Как удалось установить, скифские лошади родственны нескольким современным породам Европы, а также тувинской и корейской, а по материнской линии близки к китайским, тувинским и анатолийским лошадям.
Для нас представляет интерес и большой каменный курган в районе реки Улаган на Алтае. Это княжеская могила. IV–III веков до н. э., в которой человеческое захоронение в срубе было разграблено, но захоронение коней за стеной сруба оставлено нетронутым. Среди лошадиных останков выделяется конь темно-рыжей масти с выраженным золотистым блеском, ростом не ниже 150 сантиметров, благородных восточных линий, с большой сухой головой и длинной шеей, высокой холкой, короткой спиной и длинными ногами. Возможно, это был конь князя. Судя по зубам, ему на момент смерти было больше 20 лет, за ним, без сомнения, бережно ухаживали. Рядом сохранилась маленькая плеточка — сугубо символическая, так как ею невозможно больно ударить. Остальные лошади в этом захоронении рыжие и золотисто-гнедые, среди них нет саврасых или мышастых, характерных для современных алтайских лошадей. Грива «главного» коня пострижена и схвачена нагривниками, хвост пострижен у основания репицы и заплетен в косу. У остальных лошадей хвосты также заплетены в косы или имеют узлы посередине. По своему типу этот конь, как отмечает Витт, ближе всего к лошадям на изображениях из Малой Азии. Лошади восточного типа могли быть у скифов Алтая как исключение, как богатый трофей, привезенный из дальних стран, хотя их молодняк мог выращиваться и на месте.