Одно из главных мест в боевой подготовке пограничных войск занимает специальная пограничная подготовка. Основой ее являлись вопросы обучения личного состава действиям в составе пограничных нарядов по обнаружению и задержанию нарушителей границы днем и особенно ночью, на всякой местности и при любой погоде, подготовка пограничной заставы к осуществлению поиска, преследования, задержания или уничтожения агентов противника, пытающихся прорваться в наш тыл, а также вопросы поиска и уничтожения разведывательно-диверсионных групп противника и националистических банд силами пограничных и оперативных войск с привлечением подразделений войск прикрытия границы.
Застава имени Григория Кофанова. «Нарушитель» задержан
Большое внимание в боевой подготовке уделяется обучению одиночного бойца, а также подготовке пограничников в составе отделения и пограничной заставы для ведения действий во всех видах боя. Немало времени отводится огневой подготовке, рукопашному бою, метанию гранат, физической, а в отдельных подразделениях и конной подготовке.
Например, накануне войны директивой ГУПВ от 7 января 1941 года предлагалось в целях повышения служебной, тактической и огневой подготовки линейных пограничных застав существующую систему обучения (на боевую и политическую подготовку отводилось ежедневно по 3 часа) дополнить сборами, проводимыми при штабах комендатур, на резервных заставах, для чего последние в то время были реорганизованы из резервных в учебно-резервные. Для этой же цели предлагалось использовать и маневренные группы при штабах отрядов. Продолжительность обучения одной очереди на сборах на учебно-резервной заставе устанавливалась 12 учебных дней по 9 часов ежедневно. На сборы высылались пограничники с линейных пограничных застав в составе отделений, c ними отрабатывались наиболее сложные темы по специальной подготовке, тактическая подготовка в составе отделения во всех видах боя, огневая, строевая и физическая подготовка. Все занятия проводились на местности как днем, так и ночью в различных условиях погоды.
Наряду с одиночной подготовкой и обучением пограничников умению действовать в составе отделения серьезное внимание уделялось вопросам постоянной боеготовности личного состава пограничных застав, умению действовать при отражении внезапного нападения на заставу банд, разведывательно-диверсионных групп и мелких подразделений полевых войск силою взвод — рота. C этой целью на каждой заставе был разработан подробный план действий личного состава по боевой тревоге, в соответствии с которым регулярно проводились учебные тревоги, групповые занятия и учения в составе заставы.