С середины 1930-х годов Лучиано и Лански полностью переключились на игорный бизнес. Лаки к тому моменту стал боссом, а Лански его консильери. Уроженец города Гродно, Майер Лански был евреем, а значит, никогда не мог бы претендовать на место криминального босса сицилийской мафии. Лаки частенько упрекали в его дружбе с Лански.
Власть Лучиано стала вызывать опасения у правительства, и в 1936 году ему предъявили абсурдное обвинение. Традиция сажать криминальных боссов по странным статьям продолжалась. Лаки Лучиано был осужден за склонение к проституции. По его собственному выражению, он нарушил сотню законов, но никого и никогда к проституции не принуждал. В ходе следствия, правда, обвинение расширилось на статью за организацию сети притонов, к этому Лучиано действительно был причастен. Обвинение потребовало 50 лет заключения.
Как свидетельствуют охранники Алькатраса, по ночам узник по фамилии Капоне выл от ужаса тюремного заключения. Камера окончательно сломила его. Счастливчик Лучиано еще в молодости доказал свой характер. Тюрьма не только не сломила гангстера, но даже не помешала ему вести бизнес. Ежедневно перед решеткой тюремного двора выстраивалась очередь из людей, желающих получить от Лучиано совет или ценное указание.
В 1939 году началась Вторая мировая война, и вскоре правительство США пошло на беспрецедентный шаг. Если кто-то способен тебя обыграть, то не лучше ли, если этот кто-то будет играть на твоей стороне? Сицилийская мафия ненавидела режим Муссолини, поэтому боссы с готовностью пошли на сделку с правительством и помогли Штатам. Обратились и к Лаки Лучиано. Единственным требованием босса был перевод в тюрьму поближе к Нью-Йорку, чтобы его друзьям удобнее было приезжать к нему за советом. Просьбу выполнили тут же, и Лучиано стал сотрудничать с правительством. По условиям контракта Лучиано должны были освободить по окончании войны. В 1946 году Лаки действительно освободили, но с обязательным условием немедленной высылки из страны. В одном из последующих интервью Лучиано сообщил, что когда самолет пролетал мимо статуи Свободы, его сердце сжалось от боли. Подобное он чувствовал лишь однажды: в тот момент, когда двери тюремной камеры захлопнулись за ним.
Естественно, Лучиано не отошел от дел. Если уж тюремная камера не смогла помешать его бизнесу, то уж высылка из страны и подавно. Впрочем, ведение дел действительно усложнилось. Несколько раз Лаки предпринимал попытки вернуться в Штаты, но каждый раз терпел поражение. Неоднократно, впрочем, он приезжал на Кубу, чем нарушал условия сделки с правительством. Вместе с Лански и Костелло он продолжал развивать сеть казино.