После войны Йон открывает в Лондоне адвокатскую контору. В этот период он выступает свидетелем обвинения на судебных процессах над немецкими военными преступниками, прочно зарекомендовав себя ярым антифашистом и антимилитаристом.
В конце 1949 года, после создания в сентябре ФРГ, Йон вернулся на родину и попытался устроиться на работу в Министерство иностранных дел, но получил отказ. Однако он не оставил попыток поступить на государственную службу.
В декабре 1950 года с помощью английских оккупационных властей его назначают исполняющим обязанности президента только что сколоченного Федерального ведомства по охране конституции, а 26 октября 1951 года утверждают главой этого ведомства.
Злоключения главного контрразведчика Бонна
На влиятельном посту руководителя ФВОК Йон продолжал оставаться непримиримым антифашистом и антимилитаристом, боролся за недопущение на государственную службу не только коммунистов, но и нацистов и увольнение принятых ранее в правительственные учреждения сторонников Гитлера. Действия Йона вызвали возмущение у многих влиятельных западногерманских политиков и государственных деятелей, таких, например, как всесильный статс-секретарь ведомства канцлера Ханс Глобке, курировавший органы политической полиции и спецслужбы, лидер правого Христианско-социального союза Йозеф Штраус, бывший одно время министром обороны; министр внутренних дел Герхард Шрёдер. Либеральные взгляды Йона возмущали и главу правительства ФРГ федерального канцлера Конрада Аденауэра, человека глубоко консервативного, который после знакомства с кандидатом на пост президента ФВОК сразу решил при первой же возможности избавиться от «розового адвокатишки». Скрепя сердце он согласился после долгих проволочек с назначением Йона на эту должность лишь под сильным давлением британских оккупационных властей, которые выдвинули его кандидатуру.
Тем не менее нежелательному президенту ФВОК удалось продержаться на своем посту до 20 июля 1954 года. В этот день в Западном Берлине состоялась траурная церемония по случаю десятой годовщины неудачного покушения на Гитлера, после которой по рейху прокатилась волна репрессий. Утром 21 июля обнаружилось, что Йон минувшим вечером не вернулся в свою гостиницу и исчез. 23 июля по радио ГДР было передано заявление президента ФВОК, в котором он выразил свое несогласие с политикой Аденауэра и попросил политическое убежище в Германской Демократической Республике. Через три недели, 11 августа, он выступил на пресс-конференции в Восточном Берлине, где присутствовали более двухсот журналистов с Востока и Запада, и после резкой критики позиции западных союзников и боннского правительства по вопросу объединения Германии призвал поддержать советский план создания единого, антифашистского, антимилитаристского, нейтрального и демократического немецкого государства. Чтобы способствовать этому, он решил остаться в ГДР и заняться политической деятельностью.