В 1930 году зачислен в органы ОГПУ. Принимал участие в борьбе с басмачеством в Бухаре. Затем направлен в Институт красной профессуры (1931–1932 годы). В совершенстве владел турецким, английским и французским языками.
В 1932 году вновь вернулся в ИНО ОГПУ. Последующие два года находился на нелегальной работе в Китае под видом турецкого студента, изучающего востоковедение в американском колледже в Пекине. В 1935 году направлен в США в качестве заместителя руководителя нелегальной резидентуры. Летом 1938 года возглавил эту резидентуру.
В США И. Ахмеров завербовал более десяти ценных агентов. От его резидентуры в Центр поступала важная информация. Однако в ходе бериевской чистки его отозвали в Москву, а созданную им точку законсервировали.
После начала Великой Отечественной войны И. Ахмерова направили нелегальным резидентом за океан. Он внес весомый вклад в информирование советского руководства о политике и военных планах Гитлера, экономическом положении и стратегических ресурсах фашистского блока, деятельности немецких спецслужб. От него шли также подробные сведения о замыслах и действиях реакционных кругов США, направленных на подрыв антигитлеровской коалиции, заключение сепаратного мира с фашистской Германией. В общей сложности Центр получил от И. Ахмерова более 2,7 тысячи микропленок с разведывательными данными.
В декабре 1945 года после предательства агента-связника возникла опасность провала, и И. Ахмеров с женой были выведены в СССР. С 1946 года служил заместителем начальника отдела в нелегальном управлении МГБ СССР. Неоднократно выезжал в краткосрочные спецкомандировки за рубеж. До ухода в отставку занимался преподавательской работой в специальных учебных заведениях внешней разведки МВД-КГБ СССР.
Награжден двумя орденами Красного Знамени, орденом Красной Звезды и орденом «Знак Почета».
У каждой, пусть самой-самой прекрасной, сказки есть свои недостатки, свои теневые стороны. Миф о Штирлице — не исключение. Что-то все-таки в нем, в этом безупречном герое, есть неправдоподобное, сладковато-фальшивое. И даже у наивного читателя непроизвольно возникал вопрос: «Как же так, ас шпионажа сидел прямо в гитлеровском логове, знал, можно сказать, сверхсекреты противника, а мы так трудно и долго воевали с фашистами и понесли тяжелейшие потери?».
По-моему, если задаться вопросом, какую, по большому счету, пользу принесли нам «Семнадцать мгновении весны», то ответ сложится сам собой. При всей занимательности книги и телесериала о Штирлице он, суперразведчик, не стал и не мог стать подлинным героем. Убедительное свидетельство тому — хорошо всем известная, бесконечная, сработанная в ироническом ключе череда анекдотов о похождениях придуманного героя. Как о Василии Ивановиче Чапаеве и его ординарце Петьке.