Когда его патрон-архиепископ умер, ван Линсхотен решил вернуться в Европу; это заняло у него три года, включая двухлетнее пребывание на Азорских островах, во время которого он сделал осторожные заметки о попытках Британии грабить испанские и португальские суда, возвращающиеся из Ост-Индии.В 1592 г. ван Линсхотен, наконец, добрался до Лиссабона, а затем приплыл в Нидерланды, вернувшись домой после почти 13-летнего отсутствия. Спустя четыре года после возвращения рассказ ван Линсхотена о его приключениях был издан в Нидерландах. Тем временем он нанялся в голландскую экспедицию, организованную с одобрения Морица Нассауского, принца Оранского, главного судьи и правителя Нидерландов, в целях исследования возможности прокладки северо-восточного маршрута в Tихий океан, а оттуда в Индию.В июне 1594 г. три судна вышли из голландского порта Тессел на север вдоль побережье Норвегии, а затем свернули на восток в Северный Ледовитый океан. Но в сентябре того же года они вернулись в Нидерланды. Они достигли Карского моря и нашли то, что было похоже на пролив, ведущий на восток, но вынуждены были повернуть обратно из-за льдов.Ван Линсхотен сообщил Морицу Нассаускому о своей уверенности в том, что северный маршрут, ведущий в Китай и Индию, теперь обнаружен, и ему весьма успешно удалось вселить свою надежду в сердца многих соотечественников. На следующий год для продолжения исследований было снаряжено семь кораблей, но на сей раз из-за льдов суда даже не добрались до Карского моря. Голландское правительство решило не предпринимать дальнейших попыток за счёт общественных средств. Третья попытка, профинансированная в частном порядке, бесславно провалилась. Тем временем ранняя публикация отрывков из описания приключений ван Линсхотена побудила Морица Нассауского послать в Индийский океан голландский флот под командованием капитана Корнелиса Хаутмана, чтобы проследовать по маршруту португальцев. Мориц особо оговорил, что голландские суда должны в максимально возможной степени избегать конфликтов с португальцами и искать дружеских отношений с жителями стран, которые они посетили. Ван Линсхотен уже указал на важность торговли с Явой, отметив, что на этом острове «люди могли бы свободно путешествовать без всяких помех, поскольку португальцы не пойдут туда, ведь множества самих яванцев прибывают в Малакку,
Мориц Нассауский, генерал-капитан и адмирал Объединённых Нидерландов, от имени которого Маврикий получил своё название. Славный представитель дома Оранских, Мориц был снисходителен в вопросах религии, сделав Нидерланды зоной безопасности для религиозных беженцев из смежных областей Европы. В свою очередь эти беженцы внесли существенный вклад в культурную и коммерческую жизнь Нидерландов, что в итоге вылилось в значительное укрепление позиций страны как морской державы, настолько основательное, что оно угрожало даже португальскому владению Бразилией (и бразильским золотом). (Коллекция изображений, отделение Нью-Йоркской публичной библиотеки.)