Коллизии и экстремальные ситуации, выбранные Кутзее, представляют в большинстве своем трагические сцены насилия и жестокости над человеком, над животными, над природой, но они интересуют его не сами по себе, а направлены на то, чтобы побудить читателя задуматься о том, о чем думать как-то не очень хочется. Уже первый роман «Сумеречная земля» (1974) говорит о Кутзее, как о серьезном писателе-исследователе, который раскрывает корни тупиков диалога разных культур и естественных реакций при столкновении абсолютно чуждых друг другу миров. В первой части книги это столкновение американского империализма с вьетнамским крестьянским миром; во второй — европейского колониализма с южноафриканским племенным миром. В романе «В сердце страны» (1977) он описывает катастрофу крушения колониальной системы в контексте африканского пространства.
В романе «Жизнь и время Михаэла К.» (1983) писатель метафорически описывает апартеид в ЮАР, сопровождающийся бессмысленной жестокостью, гражданской войной, трудовыми и исправительными лагерями, через которые проходит главный герой. В романах «Осень в Петербурге» (1994) и «Мистер Фо» (1986) Кутзее исследует литературный процесс, психологию творчества и сложную, двуликую, двойственную писательскую натуру. В романе «Железный век» (1990) он отобразил через виденье главной героини, пожилой, смертельно больной белой женщины, уходящую, разваливающуюся систему апартеида с ее стихией смерти, уносящей многие молодые жизни. Но, несмотря на сложнейшие взаимоотношения между белыми и черными, в романе проступают настоящие человеческие чувства — понимание и сострадание. Эпоха апартеида уходит, и белая женщина находит опору и поддержку в дружбе с чернокожим бомжем, который скрашивает последние дни ее жизни. В романе «Бесчестье» (1999) Кутзее изобразил не только критическое положение белого меньшинства, потерявшего власть в стране, и его неопределенность в будущем, но и косвенно объяснил причину своего переезда в другую страну. В романе «Элизабет Костелло» (2003) Кутзее поднимает вопросы о смысле творчества, о проблемах творчества, об ответственности художника за свои творения, о грани дозволенного в процессе творения, о сущности писателя как человека. Роман «Медленный человек» (2005) описывает сложности, с которыми сталкиваются люди: проблемы иммигрантов, взаимоотношения полов, беспомощности и одиночества человека с ограниченными возможностями.
Роман «Дневник плохого года» вышел в свет в 2007 г. По определению Б. Ворсфолда — это «позднее признание» (late confession), в котором Кутзее сконцентрировал то, «что хотел сказать в течение длительного времени». Этот роман привлекает своей оригинальной текстовой лаконичностью, емкостью мысли, стилевой утонченностью и изяществом языкового мастерства, (недаром Кутзее называют «мастер стиля», «master of prosestyle»), а также постановкой актуальных вопросов, отражающих проблемы современного мира. Как говорит Кутзее в своем романе: «От меня требуются не мемуары, а собрание суждений. Отклик на настоящее, в котором я живу».