Этотъ неутомимый путешественникъ тѣмъ не менѣе любилъ семью и домашній очагъ; въ 1760 году онъ женился на молодой дѣвушкѣ дю-Шаролэ. «Знайте, писалъ онъ одному другу, что, начавши въ первый разъ собирать растенія въ этой странѣ, я нашелъ тамъ нѣкоторый чувствительный цвѣтовъ и хочу его помѣстить не въ гербарій, а въ брачную комнату». Черезъ два года у него былъ сынъ, рожденіе котораго стоило жизни матери.
Коммерсонъ не замедлилъ стать знаменитостью. Великій Линней предложилъ молодому естествоиспытателю описать для шведской королевы самые любопытные экземпляры рыбъ Средиземнаго моря. Коммерсонъ отвѣчалъ тѣмъ, что сдѣлалъ одну изъ важнѣйшихъ ихтіологическихъ работъ XVIII вѣка. Онъ основалъ въ Монпелье великолѣпный ботаническій садъ, познакомился съ Лаландомъ и сдѣлавшись его другомъ, вскорѣ затѣмъ принялъ предложенное ему мѣсто натуралиста въ кругосвѣтной экспедиціи, начальникомъ которой былъ Бугэнвилль.
Въ ту самую минуту, когда Филиберъ Коммерсонъ собирался уѣзжать, молодой слуга, Баре, по прозванію Боннфуа (чистосердечный), неотлучно бывшій при немъ въ теченіи двухъ лѣтъ и нѣсколько ознакомившійся съ растеніями и гербаріями, сталъ умолять его взять его съ собой. Коммерсонъ долго колебался, но наконецъ согласился. Годъ спустя, на Таити, Баре Боннфуа, пользовавшійся не смотря на свою сдержанность, общей любовью на кораблѣ, встрѣтился съ туземцами, которые вдругъ закричали: «Это женщина!» Баре-Боннфуа убѣжалъ, но случившееся, дошло до ушей Бугэнвилля и тогда слуга или, вѣрнѣе, служанка Коммерсона принуждена была сказать истину:
— Я знала, оправдывалась она, какимъ опасностямъ я подвергала себя; но я — сирота и полюбила науку.
Баре-Боннфуа осталась вѣрнымъ слугою. Ее простили. Она продолжала исполнять обязанности ассистента при Коммерсонѣ, который выказалъ уваженіе къ ней, посвятивши ей новое растеніе подъ именемъ баретіи: «Образъ Діаны колчаноносицы, говорилъ онъ о ней, и мудрой и строгой Минервы!»
Въ Ріо-де-Жанейро, въ Буэносъ-Айресѣ Коммерсонъ собралъ настоящія богатства. Послѣ двадцати одномѣсячнаго плаванія, проѣхавши десять тысячъ льё со времени своего выѣзда изъ Рошфора, онъ прибылъ на Иль-де-Франсъ, гдѣ его удержалъ извѣстный интендантъ колоніи Пуавръ. Французское правительство поручило натуралисту продолжать работы на Мадагаскарѣ. «Какая удивительная страна! писалъ онъ своему другу Лаланду. Она заслуживаетъ вниманія не одного странствующаго наблюдателя, но цѣлыхъ академій».
Собравши богатую жатву растительныхъ сокровищъ на Мадагаскарѣ, Коммерсонъ въ 1771 году вернулся на Иль-де-Франсъ. Онъ сталъ приводить въ порядокъ научный матеріалъ, собираясь во Францію, чтобы вкусить отъ плода своихъ трудовъ. Академія наукъ призывала труженика въ свои нѣдра, но утомленіе и чрезмѣрная дѣятельность разрушили его здоровье. Въ день своего избранія въ члены академіи Коммерсонъ былъ уже мертвъ. Онъ умеръ за недѣлю до этого на Иль-де-Франсѣ, 21 марта 1773. За нѣсколько мѣсяцевъ онъ чувствовалъ приближеніе кончины. Слѣдующія строки, взятыя изъ послѣднихъ писемъ его къ своему шурину, звучатъ какъ эхо раздирающей скорби: