К достаточно уязвимым приложениям можно отнести интернет-обозреватель Internet Explorer и почтовые программы Microsoft Outlook и Outlook Express. Причины их уязвимости те же, что и в операционной системе Windows – они широко распространены и хорошо изучены как пользователями, так и распространителями вредоносных программ. В настоящее время набирает популярность интернет-обозреватель Opera; он имеет не меньше уязвимых мест, чем Internet Explorer, но ввиду слабой изученности считается более надежным с точки зрения безопасности.
В настоящее время все большее распространение получает кража всевозможных паролей. Поэтому приложения (ресурсы и др.), для доступа к которым используется пароль, могут неожиданно стать совершенно незащищенными. Разные вредоносные программы, внедренные в компьютер без ведома пользователя (как правило – через Интернет), используют множество способов для кражи пароля – например, пароль может быть считан с клавиатуры при вводе его пользователем, после чего он автоматически отсылается по адресу, заложенному во внедренной программе. Иногда такая программа выводит на экран ложное диалоговое окно для ввода пароля; пользователь, будучи уверенным в полной защищенности запароленного приложения (ресурса), своими руками вводит пароль, который тут же попадает к злоумышленнику.
Помимо перечисленного, в программной части компьютера могут возникать различного рода программные ошибки по причине того, что разные приложения могут пользоваться одними и теми же библиотеками, ресурсами и др., что нередко приводит к конфликтам, которые могут закончиться потерей данных. Чем больше на компьютере установлено приложений и программ, тем больше вероятность возникновения различного рода конфликтных ситуаций. При этом следует учитывать, что некоторые современные приложения корректно работают только при соблюдении определенной конфигурации оборудования.